Etikettarkiv: journalistik

Referensen de glömde: stamcellsjakt i ryggmärgen

Publicerat i cellbiologi av

”Stamcellsforskning” är ett ord med särskild laddning. Men allt som har med stamceller att göra behöver inte handla direkt om nya terapier. Stamceller har vanliga biologisk funktioner i kroppen också, som det finns mycket vi inte vet om.

Häromdagen gick det ut en mycket avskalad TT-notis om en artikel om sådan forskning. Notisen är fyra meningar lång, vilket måste vara någon sorts rekord. DN har en lite längre variant som får med (nästan hela) tidskriftens namn. Karolinska institutets pressmeddelande finns här och är betydligt mindre sparsmakat. Och slutligen, själva artikeln:

Fanie Barnabé-Heider, Christian Göritz, Hanna Sabelström, Hirohide Takebayashi, Frank W. Pfrieger, Konstantinos Meletis & Jonas Frisén (2010) Origin of new glial cells in the intact and injured adult spinal cord. Cell Stem Cell. Förhandspublicerat 8 oktober.

Vad är det då som försiggår? Låt oss ta en liten titt, som neurobiologiska amatörer. Att nervsystemet består av nervceller, det hörs ju på namnet. De avbildas här på en teckning av Santiago Ramón y Cajal, som föreställer två typer av neuroner i lillhjärnan.

Men nervcellerna är långt ifrån ensamma i nervsystemet; det finns en rad andra celltyper som är nog så viktiga. Med ett ord brukar de kallas gliaceller. De stödjer och skyddar neuronerna, reglerar den kemiska miljön och bildar myelin — ett isolerande lager kring nervcellernas utskott som krävs för att den elektriska signalleringen ska fungera ordentligt. Demyelinering, när myelinet av någon anledning skadas, är en del av MS och liknande sjukdomar. Några av dem är immunceller som äter upp inkräktare.

Och, viktigast i det här sammanhanget, när nervsystemet skadas är det gliaceller som rycker in för att bilda ny vävnad. Men gliaceller är flera olika celltyper och alla gör inte allt. Framför allt, som vi nämnde tidigare i samband med cancer, är det inte alla celler i kroppen som får dela sig. Den uppgiften sköts ofta av stamceller, celler som själva inte är helt specialiserade, utan istället har förmågan att dela sig och ge upphov till andra celler, som sedan blir de specialiserade celltyper kroppen behöver. Nya gliaceller i en skadad ryggmärg, till exempel.

Det Barnabé-Heider & co ville ta reda på vilken typ av gliaceller som fungerar som stamceller vid en ryggmärgsskada. Ur medicinsk synvinkel hade det varit intressant att kunna bilda nya nerver, men också myelinerande gliaceller. Och visst går det att få stamceller från nervsystemet att utvecklas till nervceller i plaströr- och skålar utanför kroppen. Men i kroppen är det inte så enkelt. Att förstå hur nya neuroner och nytt myelin bildas — och hur vi eventuellt kan få dem att återbildas bättre — är så klart ett av motiven bakom sådan forskning.

Det fanns tre huvudmisstänkta celltyper: oligodendroglia, ependymceller och astrocyter, som alla tidigare visat sig fungera som stamceller i olika sammanhang — i andra delar av nervsystemet eller i provrör. Astrocyter utmärker sig genom att de ser ut som små stjärnor; de är stödceller åt neuronerna i centrala nervsystemet. Oligodendroglia ägnar sig mest åt att isolera nervceller, alltså att bilda myelin (för ordningens skull: de oligodendroglia som de studerade i det här fallet är redan beskrivna som förstadieceller, alltså en cell som liknar en stamcell, men som bara bildar en enda celltyp). Ependymcellerna, slutligen, täcker ytan kring de vätskefyllda hålrummen i nervsystemet — hjärnans ventriklar och kanalen mitt i ryggraden.

Så, hur gick själva experimentet till? Barnabé-Heider & co använde transgena möss modifierade med en kombination av olika gener, som gör att mössens gliaceller färgas in med fluorescenta proteiner. När mössen avlivats och deras ryggmärg monterats i mikroskop går det alltså att se fluorescerande gliaceller.

Mössen har genen för proteinet Cre kopplat till en estrogenrecetpor. Det innebär att när cellerna utsätts för hormonet estrogen, eller det estrogenliknande ämnet tamoxifen, så aktiveras Cre. Cre i sin tur är ett rekombinas, ett enzym som klipper i DNA. Om en bit DNA omges av en vissa särskilda sekvenser — som går under det kryptiska namnet loxP — så kommer Cre att klippa bort den. Vidare så har mössen en gen för ett fluorescent protein, alltså ett protein som, ifall man lyser på det, lyser tillbaka med en viss färg. Den genen är kopplad  till en promotor (en kontrollsekvens som styr genens uttryck) som gör att det bara används i just den celltypen, och till en sekvens som stänger av uttrycket. Denna så kallade stoppsekvens gör att genen inte uttrycks alls — om inte stoppsekvensen klipps bort. Därför omges stoppsekvensen av loxP-sekvenser. Så, om Cre aktiveras så klipps stoppsekvensen bort och det fluorescenta proteinet uttrycks. Här är en bild på ependymceller — det gröna i mitten, kring kanalen i ryggmärgen — inmärkta med liknande teknik (Meletis et al. 2008):

Så, när musen får en injektion av tamoxifen så börjar antingen astrocyter, oligodendroglia eller ependymceller att uttrycka fluorescent protein. Och det fortsätter de med. På så sätt går det att spåra vilken celltyp nya celler kommer ifrån. Om astrocyter lyser gult i ett prov från en mus som uttrycker fluorescent protein i ependymceller — då vet man att ependymceller givit upphov till astrocyter.

De har tittat på möss med sådan genetisk infärgning i alla tre celltyperna, både på frisk ryggmärg och på möss som sövts ner och blivit utsatta för en ryggmärgsskada. Resultatet blev att i en skadad ryggmärg börjar alla tre celltyperna bilda fler av sin egen sort. Astrocyter bildar andra astrocyter. Förstadiecellerna till oligodendroglia bildar oligodendroglia. Men ependymceller bildar inte bara ependymceller, utan också andra celltyper. Det är alltså bara de som uppvisar stamcellsfunktion i det här arbetet.

För oss som inte är så inne på neurobiologi är det inte helt lätt att veta var den här artikeln passar in, för den är så klart del av ett pågående arbete med många olika artiklar och forskargrupper. Men något lär vi oss väl alltid, och på vägen fick vi ett par exempel på cellbiologiska illustrationer förr och nu.

Litteratur

Meletis K, Barnabé-Heider F, Carlén M, Evergren E, Tomilin N, et al. (2008) Spinal Cord Injury Reveals Multilineage Differentiation of Ependymal Cells. PLoS Biol 6 e182. doi:10.1371/journal.pbio.0060182

Fanie Barnabé-Heider, Christian Göritz, Hanna Sabelström, Hirohide Takebayashi, Frank W. Pfrieger, Konstantinos Meletis & Jonas Frisén (2010) Origin of new glial cells in the intact and injured adult spinal cord. Cell Stem Cell. Förhandspublicerat 8 oktober.

Referensen de glömde: ADHD och kopietal

Publicerat i genetik av

Som vi lite surt konstaterade tidigare är det rätt sällan vetenskapsjournalister bemödar sig med att tala om vilken artikel det är de refererar, vilket gör det svårt att kolla upp kontroversiella påståenden.

Här är ett par tidningsartiklar om ett sådant ämne, nämligen ADHD. De har fått karaktäristiska provocerande rubriker. Kommentarsfältet är i uppror och ett tjugotal bloggare ekar tidningens slutsatser med hoppfulla eller upprörda utrop. Det kan finnas anledning att ta en titt själv.

Men först måste vi hitta artikeln. Det är inte det lättaste. Men journalisten har givit oss lite hjälp genom att skriva ut en av forskarnas namn — Anita Thapar och tidskriften, The Lancet. Tack!

En sökning i PubMed ger vid handen att ”Thapar A” publicerat tre artiklar om ADHD i år, samt ett par om depression och födselvikt. En av dem skulle kunna vara artikeln, en helgenomsstudie. Men den är publicerad i Journal of the American Academy of Child and Adolescent Psychiatry, inte The Lancet, och är inte riktigt så ny. Och här är det såklart lite feltänkt av mig; en artikel som publicerats idag har nog inte hunnit snappas upp av PubMed eller Google Scholar.

Så, om vi tittar på The Lancets hemsida och söker på ”Thapar”, så finner vi istället den förhandspublicerade artikeln: Rare chromosomal deletions and duplications in attention-deficit hyperactivity disorder: a genome-wide analysis.

Bingo! För att bilda oss en bättre uppfattning kan vi läsa artikelns sammanfattning. Den är tillgänglig även för folk utan prenumeration.

Men en sak till: de provocerande rubrikerna: ”Forskare: adhd har genetiska orsaker” — ”ADHD kan bero på ‘trasiga’ gener”. Även om det är sant, så måste vi komma ihåg följande: Det betyder inte att ADHD endast har genetiska orsaker; det kan vi inte vara säkra på. Det betyder inte heller att ADHD inte skulle gå att behandla; det följer inte heller av en genetisk komponent. Det betyder heller inte motsatsen, alltså att den genetiska grunden med nödvändighet leder till en ny effektiv behandling; tyvärr hjälper det ofta inte särskilt mycket. (Somliga kommentarer och bloggare verkar föreställa sig en direkt koppling mellan genetiska upptäckter och tillverkning av nya mediciner. Någon sådan finns inte.)

Det betyder heller inte att människor med ADHD på något sätt är defekta; vissa gener och proteiner saknas eller beter sig annorlunda i jämförelse med folk i allmänhet — och kan på så sätt med visst fog kallas trasiga varianter. Hur ändrar det vår bild av människor med ADHD att det finns en genetisk komponent? Svaret på den frågan borde vara inte alls. Om den genetiska komponenten spelar tillräckligt stor roll kan det såklart påverka hur vi ser på varför människor har ADHD.

Att det kan finnas en viss genetisk komponent borde heller inte vara någon nyhet. Författarna hade knappast påbörjat arbetet om det inte fanns anledning att tro på en genetisk komponent — det hade varit slöseri med tid och pengar. I bakgrunden finns forskning som redan tyder på att ADHD är ärftligt, annan forskning som kopplar CNV:er (Copy Number Variations; på svenska kanske kopietalsvariationer — det är den typ av genetiska varianter som de sökt efter, helt enkelt bitar av en kromosom som förekommer olika många gånger) till autism och schizofreni och — till och med — ett annat arbete som publicerades i somras som kopplar CNV:er till ADHD.

Låt oss alltså ta det lite lugnt.

Laxar och källförteckningar

Publicerat i bioteknik av

(Laxägg från Wikipedia. Så vitt jag vet inte genmodifierade.)

Bara en kort notis om något vi borde titta närmare på senare. Idag publicerades en artikel på vetenskapsdelen av DN:s hemsida som handlar om genmodifierade laxar som snart kan vara ”här” — det vill säga, Food and Drug Administration i USA utreder om de ska godkänna en genförändrad lax som människodföda.

Fisken kallas the AquaBounty Salmon efter AquaBounty Technologies som säljer den och — får vi gissa — sitter på patenten.

Men först en sak om DN-artikeln och en slående skillnad mellan vetenskapsjournalistik och vetenskapligt skrivande. I vetenskapliga skrifter förväntas det finnas källor dit läsaren kan gå för att få reda på vilket stöd det finns för påståenden; och stödet ska helst vara andra granskade vetenskapliga skrifter. Journalister har såklart inga sådana krav på sig. Och när journalister skriver om vetenskap blir det ibland en dråplig krock. Det hör till exempel till undantagen att en vetenskapsjournalist som skriver om ett nytt resultat som publicerats i en vetenskaplig tidskrift uppger en fullständig källa. I de bättre fallen uppger de vilken tidskrift artikeln publiceras i. Författarnamnet uppges bara om författaren gjort något kul uttalande som går att citera i texten. I värsta fall får vi nöja oss med att det står att ”amerikanska forskare” kommit fram till någonting — förmodligen att någonting orsakar eller skyddar mot cancer.

Detta har nog sina randiga och rutiga skäl. Jag har förstått att vetenskapsjournalister ofta jobbar med presskit med förhandsmaterial från de stora tidkrifterna, så de kanske inte vet exakt när och var artikeln kommer finnas. Oftast krävs det dyra prenumerationer för att komma åt den, och det är inte självklart att vi som läsare skulle begripa originalartikeln ens om vi såg den. Därför kanske inte referensen alltid är så viktig för oss. Men det vore ändå bra om den fanns där, så vi kunde gå till originalartikeln ifall vi vill veta mer — särskilt när det gäller något kontroversiellt.

Den här artikeln handlar i alla fall inte om något visst genombrott som publiceras i en vetenskaplig artikel. Men den verkar vara ett referat av den här artikeln — och kanske någon mer — i The Guardian. Nog för att artikeln verkar — verkar; det borde vi som sagt titta närmre på, kanske titta på några av de vetenskapliga referenser som faktiskt finns — innehålla en rätt bra sammanfattning av vad som är genmodifierat med laxen ifråga. Men den har ändå karaktären av en sammanfattning av en sammanfattning av en sammanfattning. Mest av allt påminner det om viskleken.