Kategoriarkiv: svenska

Reflektioner om högskolepedagogik: undervisning online

Publicerat i svenska av

Den senaste i serien högskolepedagogiska kurser var en workshop om e-lärande, alltså undervisning online. Det är användbart både för genuina distanskurser, för kurser som behöver hållas på distans i nödfall därför att det råkar vara pandemi, och för vilka kurser som helst — eftersom varje kurs med självaktning har ett inslag av online-aktiviteter numera. Vi använder ju alltid en digital lärplattform till att dela material, hantera inlämningar, meddelanden och diskussioner, även om kursen också har klassrumsaktiviteter.

Jag har hittils inte behövt spela in några föreläsningar eller demonstrationer, men nu är jag bättre förberedd ifall det skulle behövas. En fördel med att behöva lyssna på mig själv alldeles för noggrant för att kunna skriva textningen: Jag insåg att jag, i min nedkortade föreläsning, gav en ganska torftig förklaring av ett visst genetiskt koncept (för insatta: ja, det var naturligtvis kopplingsojämvikt). Om jag skulle använda den i faktisk undervisning måste jag spela in den delen igen med en bättre förklaring.

Screenshot av mig som spelar in en föreläsning med undertexten 'don't bother to talk to me'

Den automatiska textningen har det inte lätt med min engelska kombinerad med genetisk terminologi. Jag minns inte vad jag sa här, men det var något helt annat.

Annars var det mest intressanta att prata (och i någon mån klaga) med andra deltagare om det senaste årets distansundervisning. Ett återkommande klagomål under det gångna året är hur trist det är att föreläsa för en skärm, jämfört med att göra det inför en publik i ett rum. Jag håller med: Det är både tråkigare och mer stressande att prata till en skärm, och det blir knappast bättre när det är en inspelning på gång. Men å andra sidan, varför är det så viktigt att titta på åhörarnas ansikten? Vet vi att studenterna hänger med för att de ser ut att hänga med — eller att de inte hänger med för att de ser ut att uttråkat titta ut i rymden? Nej, såklart inte. Det är klart att det är trevligt för mig att se dem jag talar till, men jag har svårt att se att det ger mig någon användbar information om vad de förstår och inte, om jag inte frågar dem.

Och på motsatt håll: är det viktigt att studenterna ser mitt ansikte? Även det omvända klassrummet, i all sin påstådda radikalitet, verkar en smula fixerat vid föreläsningar. Å ena sidan känns det seriöst med en videoföreläsning, i alla fall om den inte är för tafflig — att jag tagit tiden och ansträngningen att samla ihop och spela in materialet. Och det finns ett visst underhållningsvärde, som inte är att förakta, i att läraren visar sitt ansikte och har ett personligt tilltal. Å andra sidan, all kritik som finns mot föreläsningsformen (med undantaget att man inte kan spola tillbaka och se den igen) kan riktas mot den förinspelade föreläsningen. Den eventuella lilla interaktivitet som finns i en live-föreläsning försvinner också. Det viktiga är att studenterna lär sig så bra som möjligt, och frågan är om de blir bättre föreberedda för en lektion eller ett seminarium av att få en inspelad föreläsning än de skulle bli av få läsanvisningar eller en förberedelseuppgift.

Akademiskt skrivande: Magnus Linton om bra text

Publicerat i med mera, svenska av

För några veckor sedan kom journalisten och författaren Manus Linton på videobesök till SLU och pratade om skrivande. Han är nämligen på uppdrag att få forskare att skriva bättre — han har varit ”writer-in-residence” (snygg titel) på Uppsala universitet och drivit workshopprojektet Skriven mening på samma tema. Det var inte klart för mig om det är samma projekt som pågår fortfarande trots att det enligt sidan ska ha slutat förra året, eller någon typ av fortsättning; sak samma. Föredraget handlade om vad bra text är, följt av tips. Han har en bok på samma ämne, Text & stil, som jag inte läst än men blev minst sagt sugen på.

Linton har mest arbetat med forskare inom samhällsvetenskap och humaniora, men jag tror ändå att flera poänger kan överföras på naturvetenskapliga texter. Eftersom jag verkar i ett fält med lite annan textkultur har jag lite svårt att känna igen den genre han beskrev som ”ditt nästa antologibidrag”, men jag vet i alla fall vad ”en essä på en dagstidnings en kultursida” är, även om det är tveksamt om jag någonsin kommer att skriva en sådan om min forskning. (Kultursideredaktörer, maila för all del!) Det handlade om skrivande som riktar sig till fler än de närmast sörjande — ”text som inte enbart är skriven för att undervisa eller övertyga de närmaste kollegorna”. Vilket till exempel kan innefatta forskningsansökningar, som ju oftast läses och bedöms av kunniga människor som inte är just experter på ämnet för ansökan. Och jag vågar påstå att det i viss mån kan gälla forskningsartiklar, åtminstone de som inte helt är skrivna enligt formulär 1A — till exempel olika översikt-, perspektiv- eller letter to the editor-artiklar.

Jag gillar att Linton ogenerat pratade om bra text. Det tycks mig som forskare gärna använder eufemismer som att något är ”precist” eller ”tydligt”, när de menar ”bra”. Vad menar han då med bra? En bra text fyra saker för sig: För det första, den innebär ett möte mellan författare och läsare, på så sätt att den respekterar läsarens förmåga och lämnar tillräckligt utrymme åt läsaren att tänka själv. För det andra är den meningsfull för tre olika sfärer samtidigt: för författaren själv — det finns motivation och intresse att skriva den; för den egna akademiska miljön — den har tillräcklig skärpa och stringens; och för världen utanför — den är begriplig och använder minimalt med jargong. För det tredje tar den risker. För det fjärde handlar den om något, ett visst problem, och kan visa varför det är viktigt.

Det var lätt att känna igen problembeskrivningarna. Många forskare skriver ”narcissistiskt eller ogeneröst”. Många forskare skriver ängsligt: ”Man får intrycket att huvudsyftet är att inte göra fel.” En del texter är i praktiken översikter som samplar andras slutsatser utan att bidra med något nytt — där inflikade han att naturvetare kanske inte känner igen den beskrivningen och jag fnissade för mig själv, för jag kände mycket väl igen beskrivningen. Han var också kritisk till begreppet populärvetenskap, eftersom det ”får forskare att fokusera på enkelhet, även språkligt”. Det är nog sant, kanske inte om journalistiskt kunniga forskningsskribenter, men väl om oss forskare när vi försöker skriva så att icke-forskare kan begripa. Det stämmer att det lätt blir för torftigt och för inriktat på att förklara.

För den långa listan konkreta tips tror jag man får vända sig till boken, men här är några minnesvärda tips och tekniker från föredraget: Skapa rörelse med perspektivbyten och att använda annat material än just den egna studien. Allt material — upplevelser, debatter, händelser — kan ha plats i en essä. Tänk på början och slutet; akademisk text slutar ofta svagt genom att bara ebba ut. (En vän lästen nyligen ett utkast till en av mina ansökningar och påpekade: ”Du avslutar inte med något”. Det stämde.) Vad gäller början, ge inte en massa torr bakgrund eller en rad abstrakta frågor, utan börja med något som har laddning, visar varför det som kommer är viktigt och bygger förtroende hos läsaren. Någon frågade om problemen med att skriva om kontroversiella etiska frågor, och svaret blev att man ska vara glad för att ens ämne är kontroversiellt. Balansera fakta (”hur”) och analys (”varför”). Sakpåståenden utan analys är tråkigt, men analys utan konkreta fakta är obegripligt. Jag påminns om ett citat från JBS Haldane (från hans ”How to write a popular science article”) som citerades i podcasten Genetics Unzipped nyligen: ”start from a known fact, such as a bomb explosion, a bird’s song’ or a piece of cheese” och ”proceed to your goal in a series of hops rather than a single long jump”.

Lärde jag mig något då? Det var många bra idéer som är värda att lägga på minnet. En av dem testade jag direkt — att ta bort underrubrikerna så att texten måste hänga ihop utan dem. Men om det är något vi lärt oss av att studera och undervisa är det att man inte blir särskilt mycket bättre på att göra något genom att lyssna på någon som pratar om det, hur kul och klokt det än är. Men jag ska ta fram några av hans tips nästa gång jag sitter och våndas över en asigt tråkig text jag skriver.

Reflektioner om högskolepedagogik: Samuel Bengmark om alternerande föreläsningar

Publicerat i svenska av

I december förra året kom Samuel Bengmark från Chalmers och Göteborgs universitet på Zoom-besök till oss på SLU för att hålla ett lunchseminarium med titlen: ”Föreläsningar — en utdöende undervisningsform?”

Bengmark beskrev vad han kallar ”alternerande föreläsningar”, det vill säga pass som består av en blandning av föreläsning och övningsuppgifter för studenterna att arbeta med, som varvas med säg 10 minuter föreläsning, 5 minuter övning, och så vidare. När föreläsningarna äger rum fysiskt i en sal delar han han ut uppgiftslappar att skriva på. När föreläsningarna äger rum i videokonferens använder han break-out rooms för att dela upp studenter i virtuella smågrupper och Mentimeter för att ställa frågor och sammanställa svaren. Det senare är förresten ungefär vad jag gjorde med de föreläsningar i genomik jag höll förra terminen, även om jag hade något färre inslag av övningar än Bengmark.

Han gick igenom några problem som kan uppstå under en föreläsning (att åhöraren fastnar på något hen inte förstår, faran med att se en färdig lösning på ett problem utan att tänka igenom den själv, och inte minst att ingen orkar lyssna någon längre stund på någon som pratar, särskilt inte under en videokonferens) och hur inslag av övning under föreläsnigen skulle kunna hjälpa. Han pratade också lite om korrelationer mellan kursvärderingar: de studenter som gillar kursen gillar också arbetblad; de studenter som gillar att ha föreläsningar förinspelade på video gillar inte arbetsblad.

Det märkliga med seminariet var inramningen som ett försvar av föreläsningsformen. Bengmark började med att redogöra för kritiken mot föreläsningar, och placera föreläsningen längst ner på vad han kallar ”den informella didaktiska topplistan”, efter återkoppling, kamratdiskussioner och så vidare. Det ligger nog något i det. En docerande föreläsare får ibland stå som metonymi för allt som är dåligt med högre utbildning; föreläsningen som form är kanske mer utskälld än den förtjänar. Men titeln har inte mycket med innehållet att göra. Är föreläsningen en utdöende undervisningsform? Det verkar inte så. Och Bengmarks angreppssätt för att försvara föreläsningen mot kritik verkar vara just att ägna mindre tid åt att föreläsa och mer åt att låta studenter göra själva och diskutera med varandra.

Foto av mina anteckningar

Mina anteckningar.

Det förefaller vara ungefär samma seminarium som finns inspelat hos Nationellt center för matematikutbildning vid Göteborgs universitet. Jag tycker inte inspelningen riktigt gör seminariet rättvisa, men det finns där om man vill lyssna.

Reflektioner om högskolepedagogik, tagning 2

Publicerat i dear diary, svenska av

Kära dagbok,

Mer tankar från fortsättningskurs i högskolepedagogik.

På det andra kurstillfället ägnade vi rätt mycket tid åt ett romantiskt ideal för universitetet: både passet om pedagogisk utveckling i ett större sammanhang och passet om forskningsanknuten undervisning drog mycket inspiration från Humboldts ideal om högre utbildning som en helhet utbildning och forskning, som ska bibringa studenterna bildning och en generell färdighet att tänka självständigt, snarare än ämnes- och yrkeskunskaper.

Det står i högskolelagen och allt:

Verksamheten skall bedrivas så att det finns ett nära samband mellan forskning och utbildning.

Utbildning på grundnivå ska utveckla studenternas
– förmåga att göra självständiga och kritiska bedömningar,
– förmåga att självständigt urskilja, formulera och lösa problem, och
– beredskap att möta förändringar i arbetslivet.

Inom det område som utbildningen avser ska studenterna, utöver kunskaper och färdigheter, utveckla förmåga att
– söka och värdera kunskap på vetenskaplig nivå,
– följa kunskapsutvecklingen, och
– utbyta kunskaper även med personer utan specialkunskaper inom området.

Men lagen skriver också om arbetslivet, yrkesverksamhet och så vidare. Det låter som en blandning av den ovanstående visionen och andra hänsyn, och det överensstämmer kanske med universitetets historia som innehåller både holistisk Humboldt och en start som glorifierat prästseminarium.

Sådant pratade vi alltså om. Vad är ett universitet egentligen? Vad är poängen med den typ av utbildning som vi driver? Jag fick några gånger intrycket att den här delen av kursen handlade om att övertyga oss om att bildningsideal är bra och viktigt.

Men den lokala miljön är förmodligen ännu viktigare än den större inramningen. En bra miljö med kollegor som bryr sig och stöttar varandra hjälper förstås att göra undervisningen bättre. Mårtensson & Roxå (2011) tittade på fyra ”starka akademiska mikrokulturer”, det vill säga ställen på universitet där undervisning och forskning ansågs fungera väldigt bra. Som man kanske kan vänta sig är det här grupper där man håller undervisning för väldigt viktigt, har förtroende för varandra, har goda relationer med andra, och upplever ett gemensamt ärende.

Ärenden ifråga verkade vara långsiktiga mål som var riktade utåt. Poängen var att forma fältet, utbilda studenter som kommer att utveckla yrket, påverka omvärlden. Inte ”att bli en excellent utbildningsmiljö”, eller något sådant som förmodligen står i dokument på högre nivå i organisationen. Författarna använder ordet ”enterprise”. Det påminner om skillnaden mellan extern och intern motivation hos den som lär sig. Klart läraren också blir mer driven av av intern motivation som en önskan att förändra sitt fält, än av extern motivation som att universitetet har en strategi att bli bäst på undervisning.

Det kom också fram att i de här miljöerna såg man undervisning inte bara som väldigt viktigt, utan som något som är oskiljaktigt från forskning. På så sätt ligger de också i linje med Humboldt.

Sätten att göra forskningsanknuten undervisning kan (såklart, som allting annat här i världen, beskrivas med en fyrfälting):

Det vill säga, undervisningen kan vara inriktad på forskningsresultat eller på forskningsprocesser, och det kan vara läraren som berättar eller studenten som gör. Forskningsanknytning kan alltså bestå i uppdatera materialet med det senaste från forskningsfronten (eller i alla fall något senare än det som står i läroboken), avslöja insider-information om hur forskningen går till, låta studenter själva läsa och analysera primär forskningslitteratur, eller låta studenter öva forskningsmetoder. Jag gillade särskilt en formulering som Göran Hartman använde om uppgifter där det inte finns en färdig lösning ”som ni lärare sitter och tjuvhåller på”.

Har jag jobbat något med forskningsanknytning? Ja, mest i det lärarledda innehållsinriktade hörnet. Det är ju bland det roliga med att göra en ny föreläsning, att försöka hitta någon forskningsartikel att passa in. Förstå min glädje när jag såg ett Tinbergen-citat mitt i en tung Drosophila-genetikstudie (Hoopfer et al 2015) och hittade en ursäkt att ta med den i en gästföreläsning om beteendegenetik. Det var ett litet exempel, men ändå.

Jag lärde mig också ett nytt fint ord. Jag hade ingen aning om att det rätt prosaiska svenska ”forskningsanknuten undervisning” på engelska heter ”the research–teaching nexus”. Fint ska det vara.

Reflektion om högskolepedagogik, apropå kurs

Publicerat i dear diary, svenska av

Kära dagbok,

Det finns väl inget utryck som för en att låta så mycket som en universitetslärare som ”reflektion”. Det skulle vara om ordet står i plural och stavas med x. Jag går en fortsättningskurs i högskolepedagogik just nu, och det får mig att tänka på lärande.

En positiv bieffekt är att den låter mig resa till Alnarp, ett av SLU:s andra campusområden. Det är fint där.

För det första är jag förvånad över hur mycket som sitter kvar från grundkursen jag gick som doktorand. Men för säkerhets skull, för jag hade känslan av att jag lärde mig ganska lite då, skummade jag igenom Biggs & Tang (2011), kursboken för SLU:s grundkurs i högskolepedagogik. Den håller hårt på constructive alignment av mål, aktiviteter och examination: idén att en bra kurs först definierar var studenterna ska kunna i slutet av den, och sedan övar och examinerar den just detta. Det är viktigt att precisera just vad ”kunna” betyder i sammanhanget: ska studenterna kunna förklara begrepp, ska de kunna lösa problem, eller ska de kunna bygga en maskin? I så fall bör de få öva sig på att förklara, eller bygga maskiner, och examineras på sin förmåga att förklara, eller bygga maskiner. Det är en av de där förrädiskt enkla idéerna som kan leda till dramatiska förändringar om man tar den på allvar.

Jag tänker förstås tillbaka på när jag var student. En del kurser var exemplariska i att sätta oss i basgrupper där vi fick förklara begrepp för varandra eller laborationer där vi fick lösa problem. En gästföreläsare (vars namn jag glömt; hon kom från Rättsmedicinalverket, tror jag) gav en 15 minuters introduktion till sitt ämne. Sedan lät hon oss tänka ut vad vi ville veta, formulera frågor, och sedan byggde hon resten av föreläsningen kring dem. Intressant sätt att både ge studenterna ansvar och hjälpa henne tackla vår förförståelse av ämnet. Modigt också. Annat var mindre exemplariskt; många sömniga föreläsningar blev det.

Själv har jag ofta tänkt, och sagt, ungefär ”tänk om jag kunde gå tillbaka och göra om de där första årens kurser med allt jag lärt mig om att lära mig”. I viss mån är det säkert sant att jag blev bättre på att lära mig. De sista åren som student fick jag till exempel för mig att organisera mina anteckningar som färgglada tankekartor, och repetera genom att titta på delar av dem och förklara dem för mig själv. Det var säkert inte helt tokigt. Å andra sidan, mycket av det jag lärde mig om att lära mig var nog också att strategiskt och ytligt ta in det som behövdes för att lyckas med tentan. På så sätt är det kanske till och med möjligt att lära sig sämre sämre med mer erfarenhet.

Som deltagare i en kurs om pedagogik fäster en naturligtvis extra uppmärksamhet vid hur undervisningen går till. Lever lärarna som de lär? Och vilka aktiviteter kan jag snappa upp och själv använda, helst de som inte kräver att kursen designas om i grunden utan bara annan användning av den tid och de resurser som finns? Kursen har inte gjort mig besviken så långt. Den fungerar verkligen som demonstration av sitt eget innehåll, med massor av små think–pair–share-moment, tillverkning av konceptkartor i grupper, gott om tid till diskussion, och aktiviteter som låter oss använda det vi läst in oss på i förväg, så att det får förberedelsen att kännas meningsfull.

Ett par höjdpunkter från de första kurstillfällena:

Linn Areskoug från enheten för pedagogisk utveckling samt från Uppsala universitet pratade om normkritik. Rubriken var ”könsmedveten undervisning”, men som sig bör var innehållet ifrågasättande även mot den idén. Det slog mig också under föreläsningen att föreläsningsstilen till stod del bestod av att problematisera de begrepp som just introducerats med en serie exempel och öppna frågor. När syftet var att åhörarna skulle tänka över identitet och ifrågasätta saker som känns uppenbara för oss, är det kanske en bra strategi. Jag undrar om det skulle gå att presentera svåra problem inom genetik på ett liknande sätt, med betoningen på frågorna, inte svaren.

Alexis Engström från Uppsala universitet gav oss, bland annat, bokstavligt talat en lista på aktiviteter som bryter med traditionell undervisning. Det jag tyckte lät mest spännande var ”Det saknade perspektivet”: att lämna ett pass i schemat öppet och ge studenterna i uppgift att fylla det med innehåll och aktiviteter som de tycker saknas i kursen, lite som en storskalig variant av vad gästföreläsaren från Rättsmedicinalverket gjorde.

Jag hoppas få med mig några saker jag kan göra för att vara en bättre lärare, och förstå lite bättre hur lärande fungerar. Som bonus har jag i alla fall roligt.

Litteratur

Biggs J & Tang C. (2011) Teaching for quality learning at university. 4th edition. Open University Press.

Forskare vill prata om den nya gentekniken, men vem vill prata med forskare?

Publicerat i molekylärgenetik, science communication, svenska av

Forskare: ”Vi måste prata!”

Tystnad. Gryllidae-läten hörs i bakgrunden.

Andra forskare: ”Äh, håll tyst!”

För några veckor sedan kom det en debattartikel i SvD: ”Vi måste ta ställning till (eller samtala om, beroende på var på sidan man läser) den nya gentekniken” från ett gång forskare kopplade till gruppen CRISPRideas vid Pufendorfinstitutet vid Lunds universitet. Deras uppgift verkar vara att analysera hur genredigeringstekniker som CRISPR/Cas debatteras:

Genom jämförande analyser av debatten i framförallt de nordiska länderna, men även globalt, kommer vi att undersöka hur vetenskaplig kunskap, värderingar och normer har påverkat såväl experter som allmänheten och olika intressenter i deras uppfattning om de nya genredigeringsteknikernas möjligheter och risker.

Det förefaller som att debattartikeln skrevs i samband med deras möte ”Medical and agricultural perspectives on new genome editing technologies” i november, och det ser ut att ha varit ett kul möte.

Synd att debattartikeln blev tråkig. Men det är kanske inte så konstigt. Om man är en grupp forskare med olika bakgrund ens mandat är att undersöka om en debatt, så är kanske den mest naturliga åsikten att driva att en bred debatt är bra och nödvändig.

Det kan låta som en åsikt som det är svårt att invända mot, men komiskt nog finns det andra som gör det. För strax därpå tyckte Jesper Sundström och Torbjörn Fagerström att det var ”Risk för ohederlig debatt om gensaxen”.

Några kommentarer om debattartikeln. Jag förstår att de hade begränsat utrymme, men här på min blogg kan jag breda ut mig hur mycket jag vill, så vi kan titta närmare på några påståenden.

Get some of that prime jive, get some of that, get get get down

Artikeln börjar med prime-redigering, en ny variant av CRISPR/Cas-redigering som publicerades nyligen (Anzalone & al 2019). Det är tydligen på grund av den som det är extra viktigt att debattera. (Oklart vad det borde heta på svenska: ”prime” är ”början” eller ”start”, som i ”primer”, en kort RNA eller DNA-bit som hjälper en enzymatisk dna-kopiering starta.)

Idén med prime-redigering är att istället för att klippa av hela dna-strängen och klistra ihop den med en ny, så tar man bara av halva i taget, för att inte råka ha sönder för mycket, och syntetiserar det nya dna:t på plats, så att det säkert kommer i kontakt med den nyklippta dna-strängen. Det är en påhittig konstruktion som kombinerar CRISPR-systemet, stulet från bakterier, med omvänt transkriptas, stulet från virus.

Varför behövs all den här påhittigheten? För att genredigering i själva verket fungerar ganska dåligt. Att slå ut en gen i cellkultur är en relativt smal sak: klipp ett hål och låt cellen klistra ihop den bäst den kan, förmodligen blir resultatet en trasig gen. Men att byta ut en variant av en gen med en annan är svårare; majoriteten av försöken misslyckas. Det är okej i labbet, när det bara är att odla nya celler och försöka igen. Det skulle vara mindre okej i en genterapisituation där en patient ska få en ny fungerande genvariant. Prime-redigering kanske är lösningen.

Det är inte lätt att veta om prime-redigering kommer bli det nya, eller om det bara är en i serien av olika förfinade CRISPR/Cas-varianter. Som utgångspunkt för debatt ställer den inga nya frågor som inte redan ställs av tidigare CRISPR/Cas-varianter, precis som CRISPR/Cas inte leder till några nya frågor som inte redan ställdes av rekombinant DNA och fosterdiagnostik. Däremot kanske den gör att genredigering blir lättare att få att fungera, och på så sätt kan de frågorna bli mer aktuella.

Har prime-redigering botat 175 genetiska sjukdomar? Nej, ännu inte en enda.

I debattartikeln beskriver de vad prime-redigering kan göra så här. Det är föredömligt korrekt, men det är ändå värt att understryka vad det betyder:

David Liu och hans forskargrupp visar att den nya gensaxen fungerar anmärkningsvärt väl: de lyckades korrigera ett häpnadsväckande antal mutationer (175 stycken!) i olika celler från möss och människor. Bland annat har man lyckats korrigera de tidigare svåråtkomliga sjukdomsmutationerna som orsakar sickelcell-anemi och den allvarliga nervsjukdomen Tay Sachs sjukdom. Möjligheterna med tekniken är stora. Liu och hans forskargrupp hävdar att över 80 procent av alla nu kända sjukdomsalstrande mutationer kan korrigeras med prime-redigering. (min kursivering)

Det prime-redigering löser är att den gör det lättare att faktiskt redigera, inte bara ta sönder. Det har varit svårt för CRISPR/Cas i praktiken att ersätta en genvariant med en annan. Men för att göra någon form av genterapi med prime-redigering måste någon också se till att det går att rikta redigeringarna till det organ eller den vävnad där problemet finns, och visa att det är tillräckligt att den fungerande genvarianten uttrycks där för att sjukdomsförloppet ska vändas, eller åtminstone avstanna.

Är de dna-redigerade kinesiska barnen skyddade mot hiv?

Sedan pratar de om det kinesiska fallet med barn som (under falska förespeglingar) fått sitt dna-redigerat i en gen som har med hiv-infektion att göra. Den här formuleringen, däremot, är så slarvig att den inte riktig är sann:

I fjol använde en kinesisk forskare Crispr för att förändra arvsmassan hos foster så att de skyddas mot hiv. Detta ledde till en storm i forskarvärlden eftersom permanent förändring av arvsmassan, som förs vidare till kommande generationer, är förbjudet i Sverige och många andra länder.

Det finns inget snällare sätt att beskriva kunskapsläget än att den kinesiska forskaren (He Jiankui) hoppades att barnen skulle bli resistenta mot hiv. Det är inte alls säkert att de faktiskt är resistenta. Vad han gjorde var att klippa hål i genen CCR5 som kodar för en av de receptorer som hiv kan använda för att komma in i cellen. Mutationerna var inspirerade av en allel som kallas CCR5-delta32 och som ger resistens mot vissa typer av hiv genom att slå ut receptorn. Förmodligen har mutationerna som barnen bär på också den effekten att de slår ut receptorn, och i så fall är de förmodligen resistenta mot vissa typer av hiv. Dessutom är det mycket möjligt att barnen har olika mutationer i olika delar av kroppen, så de kanske har en fungerande CCR5 i vissa kroppsdelar och en trasig i andra.

Jag tycker det är fel att koncentrera sig på att det var en permanent förändring i arvsmassan, som om det var det enda problemet. Att barnen, när de växer upp, kommer behöva oroa sig för om eventuella problem går i arv är illa, men det är bara ett i en rad av risker de utsätts för. Det är frågan om en oprövad behandling, med helt okända biverkningar, dåligt genomförd (fråga vem som helst som jobbat med CRISPR/Cas själv vad de tycker om Jiankuis kvalitetskontroll av redigeringar), utförd på ofödda barn vars föräldrar nästan säkert fått bristfällig information … Att lägga fram det som om det var frågan om en behandling som faktiskt gjorde nytta, men som tyvärr är ärftlig är att missa poängen.

Finns det någon risk att Sverige hamnar på efterkälken pga av etiska kval?

Författarna oroar sig, efter det kinesiska fallet, att genredigering ska förbjudas och Sverige på något sätt hamna på efterkälken. Det hade varit hjälpsamt om de givit något exempel på vem i Sverige som tycker detta?

Eftersom det finns en stark opinion mot GMO och det är svårt att få tillstånd för odling av GMO-baserade grödor i Europa har den nya regleringen kraftigt bromsat forskningen inom området. Det hindrar utvecklingen av hållbara grödor. Skulle samma sak drabba Crispr-tekniker för medicinsk tillämpning kommer den vetenskapliga utvecklingen att stanna av och våra möjligheter att bota allvarliga genetiska sjukdomar kommer att reduceras.

Genetiska förändringar i människor som går i arv är inte tillåtet i Sverige, oavsett teknik (Lag (2006:351) om genetisk integritet m.m.). Som synes är lagen från 2006, så inget nytt under solen.

Debatt om debatten om debatten

Till sist, det här är kanske långsökt, men debatten om debatten fick mig att tänka på detta fina referat av svensk lärd debatt från Tage Danielssons Grallimatik (1966).

Professor Gunnar Biörck:
Jag gör mig härmed till tolk för en tigande opinion som ogillar normlöshet och trolöshet och den junta av kulturradikaler som skriver om sånt.

Fil. dr Olof Lagercrantz:
Det är farligt med okunniga professorer.

Fil. lic. Johan Asplund:
Naturvetenskaparna borde någon gång säga något.

Naturvetenskaparna borde någon gång säga något. Det tycker undertecknarna också:

I vårt tvärvetenskapliga projekt vid Pufendorfinstitutet på Lunds universitet – CRISPRideas – bryts naturvetenskapliga och medicinska synsätt mot etiska, filosofiska, juridiska och humanistiska synsätt. Det har vidgat våra vyer och stärkt oss i vår uppfattning att det vetenskapliga samfundet kan och skall vara en partner i svåra men viktiga samtal. Björnen har lämnat sitt ide – den är inte farlig, bara man är varlig! (Slutklämmen på slutrepliken, ”Att inte debattera är inte ett alternativ”.)

Litteratur

Antonio Regalado. (2019) China’s CRISPR: babies. MIT Technology Review.

Andrew V Anzalone et al. (2019) Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor DNA. Nature.

”Gener påverkar” ditt och datt

Publicerat i genetik, svenska av

Det var länge sedan jag skrev en post som den här, men en gång i tiden bestod bloggen nästan helt av gnäll på avsaknad av referenser i nyhetsartiklar om vetenskap. Delvis var det ett sätt att lägga till referenser till nyhetsartiklarna, för om en bloggpost länkade till en artikel i till exempel DN så svarade de med en länk på artikeln. Det känns som det var oskyldigare tider när tidningar tyckte det var rimligt att automatiskt länka till bloggar som skrev om dem.

Nåväl. Det börjar så här: en vän skickar en länk till den här artikeln på SVT Nyheter Uppsalas hemsida: ”Dina gener påverkar hur ditt fett lägger sig” Det är en notis med anledning av en ny vetenskaplig artikel från forskare i Uppsala. Den har till och med en liten video. Det står:

En ny studie gjord på Uppsala universitet visar att dina gener påverkar var ditt fett hamnar på kroppen.

360 000 personer har deltagit i studien, och studien kan visa att det främst är kvinnor som påverkas av sin genetik.

– Vi vet att kvinnor och män tenderar att lagra fett i olika delar av kroppen. Kvinnor har lättare för att lagra fett på höfter och ben, medan män i högre utsträckning lagrar fett i buken, säger Mathias Rask-Andersen vid institutionen för genetik vid Uppsala universitet.

Och inte så mycket mer. Min vän skriver ungefär: Men det här vet man väl ändå redan, att det kan finnas någon genetisk effekt på hur fett fördelar sig på kroppen? Det måste ligga något mer bakom forskningen som kommit bort i nyhetsartikeln. Och det gör det förstås.

Nu behöver vi hitta originalartikeln. Det finns ingen referens i nyhetsartikeln, men de har i alla fall hjälpsamt nämnt en av forskarna vid namn, så vi har lite mer information än att det är någon kopplad till Uppsala. Jag börjar med att söka efter Mathias Rask-Andersen. Först kollar jag hans Google Scholar-sida, men där finns artikeln inte än. Helt nya artiklar brukar ta en stund på sig att komma in i litteraturdatabaser. Sedan hans och forskargruppens sidor på Uppsala universitet, men de är förstås inte heller uppdaterade än. Eftersom nyhetsartikeln nämnde 360 000 individer kan vi gissa att de förmodligen använde data från UK Biobank, så vi kan titta på deras publikationssida också. Där finns nästan löjligt många artiklar som redan publicerats 2019, men inte den här.

Först efter det kommer jag på att titta på Uppsala universitets pressida efter det fullständiga pressmeddelandet. Bingo. Det innehåller en referens till artikeln i Nature Communications. Här är den: Rask-Andersen et al. (2019) Genome-wide association study of body fat distribution identifies adiposity loci and sex-specific genetic effects.

”Genome-wide association study”, står det — associationsstudie på hela genomet. Det rör sig alltså om en associationsstudie, det vill säga en studie som försöker koppla fettfördelningen till vissa genetiska varianter. Man dna-testar en massa människor och ser vilka genetiska varianter som hänger samman med att ha fettet på ett visst ställe på kroppen. (Här en mycket gammal bloggpost som försöker beskriva detta.)

Det handlar alltså inte om forskning som försöker pröva om fettfördelningen har någon genetisk grund eller inte, utan forskning som givet att fettfördelningen på kroppen har en viss genetisk grund försöker ta reda på vilka gener och genetiska varianter som påverkar. Nyhetsartikeln har alltså fått vad studien handlar om helt om bakfoten, och så här brukar det se ut när associationsstudier presenteras i media. De framställs som något som ska testa om ”gener påverkar” något eller inte. Hur kommer det sig?

Jag misstänker att associationsstudier är för svåra att beskriva kortfattat i ett pressmeddelande. Det är lättare att säga att studien visar ”att gener påverkar” än att den ”försöker hitta just de varianter av gener som påverkar”, och därför blir det vad forskaren eller kommunikatören på universitetet skriver i sitt pressmeddelande. Sedan klipper reportern ner pressmeddelandet till hanterbar längd, och då försvinner de flesta detaljer samt referensen till originalartikeln.

Så kommer det sig att nyhetsartiklar om nya associationsstudier ger helt missvisande beskrivningar av vad de handlar om.

På dna-dagen: dna-metaforer

Publicerat i genetik, molekylärgenetik, svenska av

Det finns olika metaforer för deoxyribonukleinsyran och vad den betyder för oss. Dna kan vara en ritning, ett recept, ett program eller skrift.

Det är nästan omöjligt att säga något om molekylärgenetik utan metaforer. Med kvantitativ genetik går det lite lättare, i all fall tills de statistiska modellerna och beräkningarna kommer fram. Kvantitativ genetik handlar om saker som alla kan se i vardagen, som familjelikhet och släktskap. Molekylärgenetik handlar om saker som, i och för sig finns i det allmäna medvetandet, men inte syns omkring oss.

Men metaforer kan vara ohjälpsamma och leda tanken fel. Bilden av dna som en ritning av organismen kan verka för enkel och leda tanken till genetisk determinism. Nu vet jag, trots att jag ska föreställa ingenjör, inte mycket om ritningar. På flera sätt är det inte så tokigt: en ritning representerar det som ska byggas med ett specialiserat bildspråk i en lägre dimension. Ett hus är i 3D, men en ritning i 2D. Proteiner är tredimensionella; den genetiska koden beskriver dem i en dimension. Men det kanske är sant att ordet ”ritning” (eller ”blåkopia”) för tanken till något som är för exakt och för avbildande.

Ett alternativ är att dna är ett recept (det är många som föreslagit det; bland annat Richard Dawkins i The Blind Watchmaker, 1986). Receptet har den fördelen att det beskriver en process med både ingredienser och instruktioner. Det är lite som organismens utveckling från ett befruktat ägg till en vuxen. ”Tillsätt maternell bicoid i ena änden och nanos i andra änden; låt proteinerna blandas fritt”, och så vidare (Gilbert 2000). En annan fördel är att det naturligt påminner om att dna inte är allt. Samma recept med lokala skillnader i ingredienser och improvisationer från den som lagar blir olika anrättningar. Å andra sidan överdriver receptet vad som finns i dna. Vilka gener som uttrycks var och när är ett samspel av dna och de proteiner och rna som redan finns i en cell vid en viss tidpunkt.

Eller så är dna ett program. Program är också instruktioner, så det har samma fördelar och nackdelar som receptet på den punkten. Å andra sidan är program abstrakta och fria från konkreta ingredienser och associationer till matlagning. Lite som en ritning låter det mekaniskt och exakt. Det spelar tydligt också roll vad dna skulle vara en ritning av eller ett recept på. Det är viss skillnad att kalla dna en ritning av proteiner än ett recept på en organism.

Till sist finns det metaforer inskrivna i själva terminologin. När genetiker pratar om dna, hur det förs vidare och används, pratar vi om det som ett skriftspråk. Det kallas kopiering när dna reproduceras när celler ska dela sig. Det kallas transkription, alltså kopiering men med en ton av överföring till en annan form eller ett annat medium, när rna produceras från dna. Det kallas translation, översättning, när rna i sin tur fungerar som mall för proteinsyntes. Till råga på allt skriver vi dna med ett alfabet på fyra bokstäver: A, C, T, G. Det är en bild som är så passande att den nästan är sann.

(Den 25 april 1953 publicerades artiklarna som presenterade dna-molekylens struktur. Därav dna-dagen. Gamla dna-dagsposter: Genetik utan dna (2016), Gener, orsak och verkan (2015), På dna-dagen (2014))

Prata svenska

Publicerat i med mera, svenska, the practice of science av

Nu när jag inte alls behöver prata om genetik på svenska känns det plötsligt extra viktigt att tänka på det.

Helst skulle jag förstås vilja kunna prata om genetik på svenska med termer som är begripliga, smidiga och inte känns konstlade. Vad som känns konstlat är naturligtvis en smakfråga. Ska man skriva ”enbaspolymorfier” eller ”snippar”? Det första låter som kanslihussvenska och det andra är ett lustigt ljud med genitala associationer.

Jag kan komma på alla möjliga svepskäl att inte prata om genetik på svenska — ”det låter töntigt”; ”det finns inte ord” — men de är inte särskilt bra. Det är också såklart sant att någon som jag är bättre på mitt modersmål än ett andra språk jag lärde mig skolan, och antagligen både tänker och skriver mer effektivt och nyanserat på svenska än på engelska.

Vilka är de bästa källorna till svenska genetiska termer? Jag antar att de flesta svensktalande genetiker gör som jag och litar till en blandning av: vad vi hört äldre akademiker säga, uppslagsverk som Nationalencyklopedin och Wikipedia, Biotermgruppens lista, kanske KI-bibliotekets svenska MeSH-termer och, om allt annat tryter, översättning från engelska enligt eget huvud.

Genetisk terminologi har flera besvärliga egenskaper. Dels finns det många låneord från latin och grekiska — epistasi, pleiotropi, eukaryot, … — som antagligen inte direkt är självförklarande ens för den som kan latin eller grekiska. ”Epistasi” förresten … Biotermgruppen kallar det ”epistas”, KI-MeSH skriver ”epistasi” och Wikipedia ”epistasis”. Naturligtvis använder genetiker inom olika specialområden samma ord på olika sätt också. ”Pleiotropi” betyder tre olika saker (Paaby & Rockman 2013). Eller var det sju olika saker (Hodkin 1998)?

Sedan finns det massor av ord som betyder ungefär samma sak. Vad är skillnaden på ”variant” och ”allel”? Betyder ”gen” samma sak som ”locus”, eller är det ”variant” och ”locus” som betyder samma sak? Det beror på vem som svarar.

Och till sist verkar genetiker tro att att det hjälper läsaren, eller får dem att verka klyftiga, om de myntar massor av förkortningar. Och sedan helst, som med snipparna ovan, förvandlar förkortningarna till roliga små läten. Snipp och BLUP och tork och kvark voro sex små dvärgar.

Johan Frostegård ”Evolutionen och jag”

Publicerat i böcker, evolution, svenska av

Jag läste Johan Frostegårds bok om evolutionen och människan över jul. Frostegård är allmänbildad och skriver småtrevligt om lite allt möjligt — lite om människans förhistoria, evolutionära öppna frågor som sexuell fortplantning, altruism, typiskt mänskliga egenskaper, två kapitel om syfilis, plus författarens syn på vetenskaps-, medvetande- och moralfilosofi. Samt Gud och Bob Dylan. Det är kul med en bok om evolution som har så många skönlitterära citat. Det bästa kapitlet är nog kapitel 18, ”Immunologi, evolutionen och jag” som berör hans egen forskning.

Men jag har ett par invändningar. Det går för fort. Jag hänger inte med. Boken stannar aldrig särskilt länge på något ämne. Men det finns ett övergripande tema: att olika ämnen — medicin, moral, nationalekonomi, humaniora — skulle tjäna på en evolutionär analys. Tyvärr är den evolutionära analysen i boken ibland inte särskilt bra. Här är två exempel i detalj:

Så här står det på sidan 89 om färgseende:

Tänk bara på färgblindhet som finns i mycket högre grad hos män än hos kvinnor, och där en rätt rimlig förklaring kan vara att detta ger en fördel när det gäller synförmåga på långa distanser, där den färgblinde anses ha större förmåga att urskilja kontraster, vilket utnyttjats även i moderna arméer. Dess förekomst är statistiskt sett på många håll ungefär som om en i varje jägarlag skulle vara färgblind.

Vad är problemet här?

Det är inte uteslutet att röd–grön-färgblindhet kommer med vissa fördelar också skulle kunna vara föremål för naturligt urval i människor under vissa omständigheter. Som sagt, det finns forskning som tyder på att det finns fördelar och nackdelar med att se två respektive tre färger. Och det är tydligen inte helt ovanligt att primater har variation i färgseende inom arten (Surridge, Osorio & Mundy 2003).

Men frågan är, om det nu är bättre (obs, hypotetiskt) att se två färger och inte tre, varför är inte alla män färgblinda? Det finns flera olika omständigheter när naturligt urval göra så att det finns flera varianter av en gen i en population. Det vill säga: att det fortsätter finnas flera varianter av en gen, efter att den nya varianten uppstått genom mutation. Det händer när en variant är bra ibland, dålig ibland, och kallas balanserande selektion.

Det kan vara så att en genetisk variant har både positiva och negativa egenskaper, som gör att de individer som har en kopia av den (bär den i heterozygot tillstånd) får den bästa balansen av för- och nackdelar. Ett annat alternativ är att en genetisk variant ger fördelar när den är ovanlig i populationen, men är dålig när många andra bär på den.

Men det är också möjligt att färgblindhet uppstår hyfsat ofta genom mutation och att det inte är särskilt skadligt, och kan vara vanligt av den anledningen.

Hur det ligger till är en empirisk fråga. Det räcker inte med en idé om hur något skulle kunna vara en fördel för att ha en bra evolutionär hypotes. Vad tar läsaren med sig från resonemanget om hen inte redan vet vad balanserande selektion är? Jo, en typ av spekulation — om det finns ärftlig variation i egenskap X kanske det beror på att den har en evolutionär fördel — utan vidare data eller bevis, som är vanlig men missvisande.

Exempel 2: Det finns några passager och altruismens evolution och diskussionen om släktskap och gruppselektion.

E.O. Wilson beskriver människosläktets sociala förmåga, kallad eusocialitet, som en central egenskap, och anför till och med gruppselektion som en bakomliggande mekanism, det senare något som blivit mycket ifrågasatt. [38, 53] Gruppselektion innebär att konkurrensen i naturen, som är det naturliga urvalets motor, inte bara sker på individnivå utan även på gruppnivå. (s. 91)

/…/

Men en mindre grupp talar för teorin, med nestorn inom sociobiologi, E.O. Wilson, som ett framträdande namn. Han publicerade i den prestigefyllda tidskriften Nature en artikel där han med två medförfattare och matematiska modeller beskrev gruppselektion som en förklaring till social samverkan hos sociala djur som människan [38].

Studien blev genast omdebatterad och hårt kritiserad, bland annat av Richard Dawkins som menar att teorin om gruppselektion bortser från att det är generna som är i centrum för evolutionen, i kraft av att vara replikatorer. Detta förnekar inte heller Wilson. Dock är inte sista ordet sagt, och min gissning är att Wilsons uppfattning kommer vinna mark [37, 256]. (s. 307)

Ja, altruismnördar, referens nummer 38 är ingen mindre än Nowak, Tarnita & Wilson (2010). Nummer 256 är den svarsartikel som 140 evolutionsbiologer skrev i samma tidskrift. Och nej, det tillhör inte direkt vanligheterna att en vetenskaplig tidskrift följs av ett protestupprop i samma tidskrift. (Nummer 37 är en recension som Dawkins skrivit av en av Wilsons böcker.)

Det här är inte en lätt debatt att referera, och den går som synes något djupare än ett meningsutbyte mellan Wilson och Dawkins. Och Nowak, Tarnita & Wilson (2010) är inte någon lätt artikel att läsa. Det är nog inte bara författarnas fel, utan också tidskriftens utrymmesbegränsningars. Den består nämligen av sex sidor ”artikel” och 43 sidor ”supplementary materials” med alla detaljer. Den matematiska modellen får en dryg halv sida i själva artikeln, utan vare sig resultat eller beskrivning av metoden.

Vad kan vi säga om den?

För det första: ”eusocialitet” är inte riktigt ett ord för ”människans speciella sociala natur”. Det är det speciella sociala system där djur lever i kolonier där bara en minoritet reproducerar sig och de andra är sterila. Tänk bisamhällen, myrsamhällen och kolonier av nakenråttor. Författarna tycker uppenbarligen att eusocialitet har tillräckligt gemensamt med arbetsdelning hos människor för att det ska vara en intressant analogi, men det de skriver om människans sociala evolution i artikeln är bara det här:

We have not addressed the evolution of human social behavior here, but parallels with the scenarios of animal eusocial evolution exist, and they are, we believe, well worth examining.

För det andra: det här är en debatt om matematiska modeller. Det är inget fel med det. Matematiska modeller och teoretisk forskning är utmärkt, särskilt om man vill studera något som inte går att observera. I det här fallet hur ett visst beteende uppstod i en sedan länge utdöd förmoder och -fader till en art. Men en diskussion om det bästa sättet att bygga en matematisk modell för ett hypotetiskt scenario blir lätt en smula … teoretisk.

Om vi vill bygga matematiska modeller av hur altruism uppstod finns det lite olika sätt att räkna. Tänk på arbetsbina i ett bisamhälle. Varför har de förlorat förmågan att lägga ägg? Ett sätt är att räkna ut hur många barn de kan få indirekt genom att drottningen, alltså deras mamma, lägger ägg. Om deras arbete gör att drottningen lägger tillräckligt många ägg kan det vara ett effektivare sätt för dem att sprida sina gener än om de skulle ge sig ut i världen och lägga ägg på egen hand. Det är släktskapsselektion (Frostegård beskrier det på s. 304), och sättet att räkna kallas ”inclusive fitness”. ”Fitness” betyder reproduktiv framgång, och ”inclusive fitness” är reproduktiv framgång med släktingarnas bidrag inräknat.

För det tredje så handlar Nowak, Tarnita & Wilson (2010) inte om gruppselektion. Inte direkt, i alla fall. Artikeln är en attack mot släktskapsselektion som förklaring för eusocialitet. De hävdar istället att deras modell, som inte räknar på arbetarnas inclusive fitness, utan istället beskriver hur en mutation som får arbetare att stanna kvar i boet sprider sig i en population, är mer realistisk. Men framför allt verkar de tycka att den är snyggare. Så här skriver de i artikeln:

By formulating a mathematical model of population genetics and family structure, we see that there is no need for inclusive fitness theory. The competition between the eusocial and the solitary allele is described by a standard selection equation. There is no paradoxical altruism, no payoff matrix, no evolutionary game. A ”gene-centered” approach for the evolution of eusociality makes inclusive fitness theory unnecessary.

Och sedan i kommentarer på Nowaks grupps hemsida:

Our paper does not study group selection, and it does not compare group selection
and inclusive fitness. But given the limitations of inclusive fitness it is clear that many models of group selection cannot be analyzed in terms of inclusive fitness. Also note that our model for the evolution of eusociality is not a group selection model; instead it describes selection operating at the level of genes.

Som sagt, den här debatten är rätt teknisk, och på ren svenska en jävla röra. Jag förstår att man inte vill gå in på detaljer i en populärvetenskaplig bok på ämnet. Jag vill inte gå in på detaljer heller. Men än en gång kan man fråga sig om en läsare som inte redan är insatt i ämnet blir något klokare av det här. Vad får vi med oss förutom det felaktiga intrycket att eusocialitet är ”människosläktets sociala förmåga” och ett auktoritetsargument för gruppselektion?

Litteratur

Frostegård, Johan. (2017) Evolutionen och jag. Volante. Stockholm.

Nowak, Martin A., Corina E. Tarnita, Edward O. Wilson. (2010) ”The evolution of eusociality.” Nature 466.7310

Abbot, Patrick, et al. (2011) ”Inclusive fitness theory and eusociality.” Nature 471.7339

Surridge, Alison K., Daniel Osorio, and Nicholas I. Mundy. (2003) ”Evolution and selection of trichromatic vision in primates.” Trends in Ecology & Evolution 18.4