Kategoriarkiv: böcker

Jennifer Doudna & Samuel Sternberg ”A Crack In Creation”

Publicerat i böcker, english, genetik av

While the blog is on a relaxed summer schedule, you can read my book review of Jennifer Doudna’s and Samuel Sternberg’s CRISPR-related autobiography and discussion of the future of genome editing in University of Edinburgh’s Science Magazine EUSci issue #24.

The book is called A Crack in Creation, subtitled The New Power to Control Evolution, or depending on edition, Gene Editing and the Unthinkable Power to Control Evolution. There are a couple of dramatic titles for you. The book starts out similarly dramatic, with Jennifer Doudna dreaming of a beach in Hawaii, where she comes from, imagining a wave rising from the ocean to crash down on her. The wave is CRISPR/Cas9 genome editing, the technological force of nature that Doudna and colleagues have let loose on the world.

I like the book, talk about some notable omissions, and take issue with the bombastic and inaccurate title(s). Read the rest here.

Links

Pivotal CRISPR patent battle won by Broad Institute. Nature News. 2018.

Sharon Begley & Andrew Joseph. The CRISPR shocker: How genome-editing scientist He Jiankui rose from obscurity to stun the world. Stat News. 2018.

A Crack in Creation. The book’s website.

Johan Frostegård ”Evolutionen och jag”

Publicerat i böcker, evolution, svenska av

Jag läste Johan Frostegårds bok om evolutionen och människan över jul. Frostegård är allmänbildad och skriver småtrevligt om lite allt möjligt — lite om människans förhistoria, evolutionära öppna frågor som sexuell fortplantning, altruism, typiskt mänskliga egenskaper, två kapitel om syfilis, plus författarens syn på vetenskaps-, medvetande- och moralfilosofi. Samt Gud och Bob Dylan. Det är kul med en bok om evolution som har så många skönlitterära citat. Det bästa kapitlet är nog kapitel 18, ”Immunologi, evolutionen och jag” som berör hans egen forskning.

Men jag har ett par invändningar. Det går för fort. Jag hänger inte med. Boken stannar aldrig särskilt länge på något ämne. Men det finns ett övergripande tema: att olika ämnen — medicin, moral, nationalekonomi, humaniora — skulle tjäna på en evolutionär analys. Tyvärr är den evolutionära analysen i boken ibland inte särskilt bra. Här är två exempel i detalj:

Så här står det på sidan 89 om färgseende:

Tänk bara på färgblindhet som finns i mycket högre grad hos män än hos kvinnor, och där en rätt rimlig förklaring kan vara att detta ger en fördel när det gäller synförmåga på långa distanser, där den färgblinde anses ha större förmåga att urskilja kontraster, vilket utnyttjats även i moderna arméer. Dess förekomst är statistiskt sett på många håll ungefär som om en i varje jägarlag skulle vara färgblind.

Vad är problemet här?

Det är inte uteslutet att röd–grön-färgblindhet kommer med vissa fördelar också skulle kunna vara föremål för naturligt urval i människor under vissa omständigheter. Som sagt, det finns forskning som tyder på att det finns fördelar och nackdelar med att se två respektive tre färger. Och det är tydligen inte helt ovanligt att primater har variation i färgseende inom arten (Surridge, Osorio & Mundy 2003).

Men frågan är, om det nu är bättre (obs, hypotetiskt) att se två färger och inte tre, varför är inte alla män färgblinda? Det finns flera olika omständigheter när naturligt urval göra så att det finns flera varianter av en gen i en population. Det vill säga: att det fortsätter finnas flera varianter av en gen, efter att den nya varianten uppstått genom mutation. Det händer när en variant är bra ibland, dålig ibland, och kallas balanserande selektion.

Det kan vara så att en genetisk variant har både positiva och negativa egenskaper, som gör att de individer som har en kopia av den (bär den i heterozygot tillstånd) får den bästa balansen av för- och nackdelar. Ett annat alternativ är att en genetisk variant ger fördelar när den är ovanlig i populationen, men är dålig när många andra bär på den.

Men det är också möjligt att färgblindhet uppstår hyfsat ofta genom mutation och att det inte är särskilt skadligt, och kan vara vanligt av den anledningen.

Hur det ligger till är en empirisk fråga. Det räcker inte med en idé om hur något skulle kunna vara en fördel för att ha en bra evolutionär hypotes. Vad tar läsaren med sig från resonemanget om hen inte redan vet vad balanserande selektion är? Jo, en typ av spekulation — om det finns ärftlig variation i egenskap X kanske det beror på att den har en evolutionär fördel — utan vidare data eller bevis, som är vanlig men missvisande.

Exempel 2: Det finns några passager och altruismens evolution och diskussionen om släktskap och gruppselektion.

E.O. Wilson beskriver människosläktets sociala förmåga, kallad eusocialitet, som en central egenskap, och anför till och med gruppselektion som en bakomliggande mekanism, det senare något som blivit mycket ifrågasatt. [38, 53] Gruppselektion innebär att konkurrensen i naturen, som är det naturliga urvalets motor, inte bara sker på individnivå utan även på gruppnivå. (s. 91)

/…/

Men en mindre grupp talar för teorin, med nestorn inom sociobiologi, E.O. Wilson, som ett framträdande namn. Han publicerade i den prestigefyllda tidskriften Nature en artikel där han med två medförfattare och matematiska modeller beskrev gruppselektion som en förklaring till social samverkan hos sociala djur som människan [38].

Studien blev genast omdebatterad och hårt kritiserad, bland annat av Richard Dawkins som menar att teorin om gruppselektion bortser från att det är generna som är i centrum för evolutionen, i kraft av att vara replikatorer. Detta förnekar inte heller Wilson. Dock är inte sista ordet sagt, och min gissning är att Wilsons uppfattning kommer vinna mark [37, 256]. (s. 307)

Ja, altruismnördar, referens nummer 38 är ingen mindre än Nowak, Tarnita & Wilson (2010). Nummer 256 är den svarsartikel som 140 evolutionsbiologer skrev i samma tidskrift. Och nej, det tillhör inte direkt vanligheterna att en vetenskaplig tidskrift följs av ett protestupprop i samma tidskrift. (Nummer 37 är en recension som Dawkins skrivit av en av Wilsons böcker.)

Det här är inte en lätt debatt att referera, och den går som synes något djupare än ett meningsutbyte mellan Wilson och Dawkins. Och Nowak, Tarnita & Wilson (2010) är inte någon lätt artikel att läsa. Det är nog inte bara författarnas fel, utan också tidskriftens utrymmesbegränsningars. Den består nämligen av sex sidor ”artikel” och 43 sidor ”supplementary materials” med alla detaljer. Den matematiska modellen får en dryg halv sida i själva artikeln, utan vare sig resultat eller beskrivning av metoden.

Vad kan vi säga om den?

För det första: ”eusocialitet” är inte riktigt ett ord för ”människans speciella sociala natur”. Det är det speciella sociala system där djur lever i kolonier där bara en minoritet reproducerar sig och de andra är sterila. Tänk bisamhällen, myrsamhällen och kolonier av nakenråttor. Författarna tycker uppenbarligen att eusocialitet har tillräckligt gemensamt med arbetsdelning hos människor för att det ska vara en intressant analogi, men det de skriver om människans sociala evolution i artikeln är bara det här:

We have not addressed the evolution of human social behavior here, but parallels with the scenarios of animal eusocial evolution exist, and they are, we believe, well worth examining.

För det andra: det här är en debatt om matematiska modeller. Det är inget fel med det. Matematiska modeller och teoretisk forskning är utmärkt, särskilt om man vill studera något som inte går att observera. I det här fallet hur ett visst beteende uppstod i en sedan länge utdöd förmoder och -fader till en art. Men en diskussion om det bästa sättet att bygga en matematisk modell för ett hypotetiskt scenario blir lätt en smula … teoretisk.

Om vi vill bygga matematiska modeller av hur altruism uppstod finns det lite olika sätt att räkna. Tänk på arbetsbina i ett bisamhälle. Varför har de förlorat förmågan att lägga ägg? Ett sätt är att räkna ut hur många barn de kan få indirekt genom att drottningen, alltså deras mamma, lägger ägg. Om deras arbete gör att drottningen lägger tillräckligt många ägg kan det vara ett effektivare sätt för dem att sprida sina gener än om de skulle ge sig ut i världen och lägga ägg på egen hand. Det är släktskapsselektion (Frostegård beskrier det på s. 304), och sättet att räkna kallas ”inclusive fitness”. ”Fitness” betyder reproduktiv framgång, och ”inclusive fitness” är reproduktiv framgång med släktingarnas bidrag inräknat.

För det tredje så handlar Nowak, Tarnita & Wilson (2010) inte om gruppselektion. Inte direkt, i alla fall. Artikeln är en attack mot släktskapsselektion som förklaring för eusocialitet. De hävdar istället att deras modell, som inte räknar på arbetarnas inclusive fitness, utan istället beskriver hur en mutation som får arbetare att stanna kvar i boet sprider sig i en population, är mer realistisk. Men framför allt verkar de tycka att den är snyggare. Så här skriver de i artikeln:

By formulating a mathematical model of population genetics and family structure, we see that there is no need for inclusive fitness theory. The competition between the eusocial and the solitary allele is described by a standard selection equation. There is no paradoxical altruism, no payoff matrix, no evolutionary game. A ”gene-centered” approach for the evolution of eusociality makes inclusive fitness theory unnecessary.

Och sedan i kommentarer på Nowaks grupps hemsida:

Our paper does not study group selection, and it does not compare group selection
and inclusive fitness. But given the limitations of inclusive fitness it is clear that many models of group selection cannot be analyzed in terms of inclusive fitness. Also note that our model for the evolution of eusociality is not a group selection model; instead it describes selection operating at the level of genes.

Som sagt, den här debatten är rätt teknisk, och på ren svenska en jävla röra. Jag förstår att man inte vill gå in på detaljer i en populärvetenskaplig bok på ämnet. Jag vill inte gå in på detaljer heller. Men än en gång kan man fråga sig om en läsare som inte redan är insatt i ämnet blir något klokare av det här. Vad får vi med oss förutom det felaktiga intrycket att eusocialitet är ”människosläktets sociala förmåga” och ett auktoritetsargument för gruppselektion?

Litteratur

Frostegård, Johan. (2017) Evolutionen och jag. Volante. Stockholm.

Nowak, Martin A., Corina E. Tarnita, Edward O. Wilson. (2010) ”The evolution of eusociality.” Nature 466.7310

Abbot, Patrick, et al. (2011) ”Inclusive fitness theory and eusociality.” Nature 471.7339

Surridge, Alison K., Daniel Osorio, and Nicholas I. Mundy. (2003) ”Evolution and selection of trichromatic vision in primates.” Trends in Ecology & Evolution 18.4

Nessa Carey ”Junk DNA”

Publicerat i böcker, english, genetik av

I read two popular science books over Christmas. The other one was in Swedish, so I’ll do that in Swedish.

Nessa Carey’s ”Junk DNA: A Journey Through the Dark Matter of the Genome” is about noncoding DNA in the human genome. ”Coding” in this context means that it serves as template for proteins. ”Noncoding” is all the rest of the genome, 98% or so.

The book is full of fun molecular genetics: X-inactivation, rather in-depth discussion of telomeres and centromeres, the mechanism of noncoding microsatellite disease mutations, splicing — some of which isn’t often discussed at such length and clarity. It gives the reader a good look at how messy genomics can be. It has wonderful metaphors — two baseball bats with magnetic paint and velcro, for example. It even has an amusing account of the ENCODE debate. I wonder if it’s true that evolutionary biologists are more emotional than other biologists?

But it really suffers from the framing as a story about how noncoding DNA used to be dismissed as pointless, and now, surprisingly, turns out to have regulatory functions. This makes me a bit hesitant to recommend the book; you may come away from reading it with a lot of neat details, but misled about the big picture. In particular, you may believe a false history of all this was thought to be junk; look how wrong they were in the 70s, and the very dubious view that most of the human genome is important for our health.

On the first page of the book, junk DNA is defined like this:

Anything that doesn’t code for protein will be described as junk, as it originally was in the old days (second half of the twentieth century). Purists will scream, and that’s OK.

We should scream, or at least shake our heads, because this definition leads, for example, to describing ribosomes and transfer-RNA as ”junk” (chapter 11), even if both of them have been known to be noncoding and functional since at least the 60s. I guess the term ”junk” sticks, and that is why the book uses it, and why biologists love to argue about it. You couldn’t call the book something unspeakably dry like ”Noncoding DNA”.

So, this is a fun a popular science book about genomics. Read it, but keep in mind that if you want to define ”junk DNA” for any other purpose than to immediately shoot it down, it should be something like this:

For most of the 50 years since Ohno’s article, many of us accepted that most of our genome is ”junk”, by which we would loosely have meant DNA that is neither protein-coding nor involved in regulating the expression of DNA that is. (Doolittle & Brunet 2017)

The point of the term is not to dismiss everything that is not coding for a protein. The point is that the bulk of DNA in the genome is neither protein coding nor regulatory. This is part of why molecular genetics is so tricky: it is hard to find the important parts among all the rest. Researchers have become much better at sifting through the noncoding parts of the genome to find the sequences that are interesting and useful. Think of lots of tricky puzzles being solved, rather than of a paradigm being overthrown by revolution.

Literature

Carey, Nessa. (2015) Junk DNA: A Journey Through the Dark Matter of the Genome. Icon Books, London.

Doolittle, W. Ford, and Tyler DP Brunet. (2017) ”On causal roles and selected effects: our genome is mostly junk.” BMC Biology.

Konsten att känna igen trams

Publicerat i böcker av

Gott nytt år!

Att läsa är lite som att tänka med någon annans huvud och det är såklart inte helt riskfritt. Egentligen var meningen att titta närmare på raggningslitteraturen — i stil med Neil Strauss’ Spelet, Sara Starkströms Game Girl och Henrik Fexeus’ Alla får ligga — där jag hört ryktas att det ska finnas en del idéer om evolutionspsykologi. Men det får bli en annan gång. Så länge kan vi titta på några fördomsfulla sätt att uppskatta böckers värde, utan att läsa alltihop.

Det kan förstås verka väldigt irrationellt att döma boken efter omslaget (samt förordet, några strödda formuleringar och referenslistan), och visst, det är inte fråga om någon saklig fackgranskning eller argumentationsanalys. Vad vi letar efter är bara snabba, medges ytliga tumregler.

Som exempel kan vi ta Henrik Fexeus‘ Konsten att läsa tankar — en liten bok om ordlös kommunikation som tyvärr uppvisar alla tramstecken nedan i någon grad, men inte fullt ut. Och, precis som han förresten skriver i kapitlet om att avslöja lögnare: inget av det nedanstående är ett säkert tecken på att innehållet är trams, ens om de förekommer alla tillsammans. Men de är tecken på att viss vaksamhet kan vara på sin plats.

Jag är nog inte alls lika vis som professor Sielaff (kul anekdot — läs den), men här kommer i alla fall några utvärderingstips, vad de nu kan vara värda.

1. Författarporträtt på omslaget

Vi kan lugnt göra undantag för skönlitterära samlingar och biografier — men om en bok på fackhyllan bär författarens konterfej på sitt omslag, är det hög risk att boken är tjafs. Gissningsvis är författaren känd för något annat än sin förmåga att skriva böcker. Å andra sidan — om det inte rör sig om en debattbok eller en kändiskokbok — är författaren förhoppningsvis åtminstone känd för att vara bra på det boken handlar om. Med lite tur kan det finnas en bra medförfattare som för pennan.

Konsten att läsa tankar pryds av Henrik Fexeus’ ansikte, med ena handen höjd till pannan, fingrarna mot tinningen, ansiktet upplyst från sidan och skådande blick. (Att Konsten att läsa tankar är en rätt spektakulär titel är inget att hålla emot boken; den typen av små överdrifter är legion, särskilt bland populärvetenskap. Den här bloggpostens titel är ett blygsamt försök i samma genre.)

2. Orimliga löften

Om någonting verkar för bra för att vara sant — ja, ni vet resten. En bok med titeln ”Darwin was wrong” (för att ta ett verkligt exempel) är nästan garanterat skriven av någon som inte är särskilt hemma på evolutionsbiologi. En populärvetenskaplig bok som utlovar att revolutionera samma vetenskapsfält behöver inte vara lika illa, men överdriver förmodligen en smula. Bantningslöften ska vi inte gå in på.

Konsten att läsa tankar har följande utrop på baksidan:

Se när någon ljuger!
Förstå hur andra känner!
Upptäck hur man flirtar!
Påverka andras tankar!
Imponera på dina vänner!

En komplikation: Både ett tillgjort författarporträtt och överdrivet glada tillrop på omslaget är så gamla uttjatade tramstecken att det går utmärkt att använda dem ironiskt — och på så sätt få all eventuell nytta av dem, men gardera sig mot surputtar som jag. Och det är nog så vi får se omslaget till Konsten att läsa tankar. Humor, får vi nog tillstå, är ett svagt gott tecken.

3. Brasklappar

Det är inte alls fel att börja med en nypa salt. Den som skriver om medicin eller lagar kan vilja påpeka att de inte kan ge några råd som ersätter läkarens eller juristens — jag tycker ibland det är på plats att påpeka att jag i de flesta biologiska ämnen på sin höjd är en glad amatör. (Ett ironiskt extremfall är när alternativmedicinska utövare ibland känner sig tvungna att varna att deras påståenden om hur till exempel cancer kan botas alls inte ska ses som råd om hur cancer kan botas.)

Henrik Fexeus börjar sin bok med en ”uppmaning att inte ta så hårt på saker och ting”. Bra råd. Problemet är bara att vetenskapssynen i den här inledningen överensstämmer ganska dåligt med det som kommer redan i nästa kapitel.

Jag påstår inte att det som står i den här boken i någon mening är sant. Det är inte mer sant än andra subjektiva världsbilder såsom kristendomen, buddhismen eller naturvetenskapen. /—/ [J]ust de här metaforerna, just de här modellerna, har visat sig ovanligt användbara som verktyg när det gäller att förstå och påverka andra människor. Men det betyder inte att de är ”sanna”, att de på något sätt skulle beskriva saker som faktiskt ”är”.

På ett sätt är det såklart helt sant; bara för att en viss typ av idéer verkar användbara för någon som säljer begagnade bilar (exempelvis), betyder det inte att det är en sann beskrivning av världen. Men om vi inte gör oss några föreställningar om att fånga hur saker och ting (som människans psykologi) faktiskt fungerar, hur sjutton ska vi då veta vilka metoder och modeller som är praktiskt användbara?

Men om vetenskap i brasklappen är en subjektiv världsbild bland många andra, så förväntar sig istället första kapitlet för mycket när det påstår att biologi och psykologi motbevisat dualism — alltså föreställningar om medvetandet som någonting som inte är fysiskt eller materiellt. Det tror jag är för mycket sagt.

4. Läslista istället för fotnoter

Den som läst en politisk bok av aktivisten och språkvetaren Noam Chomsky vet hur tungrott det kan bli med fotnoter i typ varannan mening. Så vi kan nog inte kräva att det ska vara noter längst ner på varje sida, eller ens att det ska markeras i texten, där de kan störa ovana ögon. Men en litteraturlista som inte är förankrad i texten med någon form av noter eller sidhänvisningar är svår att ha till något. Att författaren någonstans på bokens några hundra sidor använt sig av något som står någonstans i ett annat verk säger nästan ingenting. Litteraturlistan blir inte en källförteckning, utan en lista med lästips.

Konsten att läsa tankar har en litteraturlista i slutet. Då och då i texten nämns ett namn vars böcker också finns med i listan, men någon vidare ledning till vilka källor som underbygger vilken del av boken får vi inte. På några ställen (tre, tror jag) refereras vissa specifika studier med varsitt stycke, utan att författare, tidskrift, årtal eller någon annan ledning om hur vi ska kunna hitta studien ifråga; det för oss till nästa punkt:

5. Få hänvisningar till primärlitteratur

Om jag inte misstar mig innehåller Konsten att läsa tankar en enda referens till en vetenskaplig tidskrift — det är bara ett av de experiment som refereras där författaren bemödat sig att göra en hänvisning, som då inte ens är förankrad i texten. Det är inte okej.

Men allt är inte bara vetenskapliga artiklar. Olika fält har olika publiceringskultur, och för övrigt kan det vara helt legitimt att referera till handböcker och läroböcker. Konsten att läsa tankar utger sig för att vara en underhållande och praktiskt användbar handbok på svenska för den som vill pröva på lite tankeläsning — och den funktionen kan den såklart fylla utan en stor litteraturgenomgång.

Om boken hade andra pretentioner skulle det vara en anlednig att höja varningsflagg.

6. Fackspråk som avslöjar sitt ursprung

Att använda facktermer är naturligtvis i sig ingen svaghet, om det nu inte är frågan om att svänga sig med coola termer istället för att skriva klarspråk. Men att se vilken typ av fackspråk en författare använder avslöjar vilka vetenskapsfält han eller hon lutar sig mot och säger något om verkets bakgrund och begränsningar.

En översikt över kapitlen i Konsten att läsa tankar pekar ut termerna rapport (väsentligen samstämmighet i kroppsspråk och tempo mellan folk som samtalar), suggestion och ankare. Om vi dessutom tar ännu en titt på litteraturlistan ser vi ett antal titlar om hypnos och NLP — neuro-lingustic programming. Richard Bandler och John Grinder är två namn som återkommer, och det visar sig vara de som hittade på termen NLP. En annan återkommande figur är Milton Erickson, en psykiatriker som NLP-folket inspirerats av. Bingo!

Varför står förkorningen NLP inte på ett enda ställe i själva texten, då? Svårt att säga, men inte nog med att ”neuro-lingustic programming” är en tungvrickare — en snabb sökning efter NLP-böcker ger ett gäng självhjälpsartade volymer som uppvisar mycket starka varningssignaler.

Men hur var boken då? Okej, nu har vi gått ganska hårt åt den — men lägg märke till att på nästan alla punkter så klarar sig Konsten att läsa tankar ganska bra. Den har ett lite ambivalent förhållande till vetenskap, den saknar några referenser som verkligen skulle behövas, men den har ett avslappnat förhållande till fackspråk, citerar Shakespeare, innehåller snygga fotomontage och är ganska underhållande.