Morning coffee: @sweden

This week, I’m tweeting from the @sweden account. It is a rotating account with a new Swede every week. I honestly have no idea who could have nominated me, but I’m flattered and happy. So far I think it’s going well. As I wrote on curatorsofsweden.com:

I’m unlikely to present any great insights about the nature and meaning of Swedishness, but I hope I may be able to give you a new appreciation for the chicken comb.

I think I could probably just keep the week going by answering questions and comments, because there have been many good ones! We’ve been talking about domestication (of course), programming languages for data analysis, the bright but possibly distant future when quantitative genetics and systems biology come together, common misconceptions about genetics, what to say to your creationist friend etc.

Dagens rekommendation: Hans Rosling

TED talks är ofta inget vidare men det finns lysande undantag. Hans Roslings tal är några av dem. Ed Yong, som jag rekommenderade häromveckan, ett annat.

Se inte bara den här videon, utan leta runt lite på Youtube.

Några saker att lägga märke till:

Rosling använder inte vilken visualisering som helst; han använder en visualisering som är en polerad variant av ett enkelt diagram med prickar.

Han drar slutsatser från modeller, inte bara grafik. Dels lutar han sig på demografiska modeller, som såvitt jag förstår är mekanistiska modeller över hur populationen av människor kommer växa. Dels extrapolerar han trender i sina diagram. Utan att han säger det skulle jag tro att det skulle motsvara linjära modeller.

Förutom att han uppenbarligen funderat mycket på vilka illustrationer han ska använda, så är han bra på att kalibrera sina jämförelser och ställa dem i relation till begripliga saker. Det är inget som kommer ur siffrorna, utan en fråga om tolkning.

Och, viktig: Rosling tolkar sina modeller som orsakssamband, inte bara som associationer. Han är intresserad av frågor om vad människor borde göra och vad som kommer hända då. Det är inte heller något som går att utläsa ur siffrorna. Det kräver tolkning och antaganden om orsakssamband, men är en oumbärlig del av Roslings argument.

Interactions between genetic and epigenetic

More speculation about epigenetics and ways that epigenetic mechanisms of gene regulation could contribute to differences between individuals. Many cases, both in plants and animals, have to do with transposable elements, which makes a lot of sense since DNA methylation is involved in silencing the expression of transposable elements. Think about genetical genomics studies such as Gibbs & al (2010), where gene expression and DNA methylation is mapped to genomic regions. First, when expression QTL and methylation QTL coincide, it might be a good idea to start looking for transposable element insertions. Finding them are not as easy as finding SNPs, but hopefully, there will be SNPs tagging the actual variant and DNA methylation will spread outside of the inserted element to CpGs that are being typed. The element itself could of course work as a promoter, but it could also spread methylation into regulatory sequences of the gene, suppressing expression, or increase expression by changing the effect of an insulator.

Second, apparently the DNA methylation of transposable elements can sometimes be variable. This is the case with axin fused, Cabp-IAP and the agouti epialleles (Druker & al 2004; Vasicek & al 1997; Morgan & al 1999); among mice that carry the insertion there is DNA methylation variation causing phenotypic differences. This means that in populations where the insertion segregates, there should be a DNA methylation by gene interaction in the effect on the phenotype. I think that is fun, and I’d like to see someone find that in a mapping study. It might make things more difficult, though. The methylation–gene expression association might be hard to detect because it only exists in one of the alleles.

Third, maybe that is actually how a DNA methylation variant might escape reprogramming. Since some transposable elements are among the sequences that are not demethylated after fertilisation, and if that effect also applies to the newly inserted copy of the transposable element, our hypothetical regulatory methylation difference might be preserved through meiosis that way.

Literature

Gibbs, J. R., van der Brug, M. P., Hernandez, D. G., Traynor, B. J., Nalls, M. A., Lai, S. L., … & Singleton, A. B. (2010). Abundant quantitative trait loci exist for DNA methylation and gene expression in human brain. PLoS genetics, 6(5), e1000952.

Morgan, H. D., Sutherland, H. G., Martin, D. I., & Whitelaw, E. (1999). Epigenetic inheritance at the agouti locus in the mouse. Nature genetics, 23(3), 314-318.

Vasicek, T. J., Zeng, L. I., Guan, X. J., Zhang, T., Costantini, F., & Tilghman, S. M. (1997). Two dominant mutations in the mouse fused gene are the result of transposon insertions. Genetics, 147(2), 777-786.

Druker, R., Bruxner, T. J., Lehrbach, N. J., & Whitelaw, E. (2004). Complex patterns of transcription at the insertion site of a retrotransposon in the mouse. Nucleic acids research, 32(19), 5800-5808.

Bibliometrics and I

Dear diary,

I’m attending a course about scientific publishing, and the other day there was lecture about bibliometrics by Lovisa Österlund and David Lawrence from the Linköping University library. I don’t think I know anyone who particularly likes bibliometrics, but I guess it makes sense that if one needs to evaluate research without trying to understand what it is about there are only citations, the reputation of the publication channel and the cv of the researcher to look at. I imagine it’s a bit like reviewing a novel in a language one doesn’t know. A couple of things occured to me, though.

What to do when different instruments of evaluation give different results? Take the two papers (so far) published during my PhD: they both deal with the genetics of chicken comb size; one is published in PLOS Genetics and one in Molecular Ecology. If we look at journal impact factors (and we shouldn’t, but say that we do), PLOS Genetics comes out ahead with an impact factor of 8.5 against 6.3. For those that do not know this about it, journal impact factor is the mean number of citations for papers in that journal the last two years calculated by Thomson Reuters in their own secret way. However, Linköping University has for some reason decided to use the Norwegian index for evaluating publication channels. I don’t know why, and I don’t think it matters that much for me personally, since the system will change soon and I will finish in about a year and a half. In the Norwegian system journals are ranked as level one or two, where two is better and is supposed to represent the top 20% of that subject area. According to their database, Molecular ecology is level 2, while PLOS Genetics is level 1. The source of the discrepancy is probably that PLOS Genetics is counted as biomedicine, while Molecular Ecology is biology, according to the Norwegian database.

They also mentioned Altmetrics, and I don’t know what to make of it. On one hand, I guess it’s good to keep tabs on social media. On the other hand, what do numbers of tweets really tell you, except that one of the authors has a Twitter account? One of the examples in the lecture was the metrics page for this paper that I happen to be a contributor to. It is actually pretty strange. It shows three tweets or 11 tweets, depending on where on the page you look. Also, when I accessed this page earlier today it linked a blog. Now it doesn’t. That says something about the ephemeral nature of internet media. Regardless, when I first saw the page I thought perhaps the metrics page had picked up on my post about the paper, but that was not the case. I don’t know how altmetric.com define a ”science blog”, maybe the blog has to be listed on some aggregation site or another, and I’m not pretending my post is particularly insightful or important. Still it’s a little strange that the altmetrics page doesn’t list a post by one of the authors about the paper, but listed a post that referred to the paper with only two sentences and was mistaken about the conclusion.

#blogg100, språkförbistring och etologens topplista

Jag måste säga att jag är ganska nöjd med att det gått över 50 poster i #blogg100 innan jag skriver en post om #blogg100. Överhuvudtaget tycker jag att det fallit ganska väl ut så långt. Har lyckats avsluta och publicera ett gäng poster som legat och väntat ett bra tag. ”Åtminstone tre sorters osäkerhet”, till exempel, är ungefär ett halvår gammal. Jag hade väntat mig att komma på mig själv med många sluga knep för att dela upp poster på flera dagar, men jag har inte gjort så många dumheter, mer än posta korta länktips, rekommendationer och citat. Jag har i alla fall ingen intention att fortsätta om jag inte har något vettigt att säga, så det är mycket möjligt att jag lägger av innan etthundrastrecket och återgår till vanlig takt.

Min blogg lider av en viss språkförbistring (vilket jag skrivit om på engelska här). En del saker vill jag skriva på engelska så att eventuella icke-svensktalande läsare kan förstå. Samtidigt vill jag inte driva två bloggar. Någon måtta får det vara. Jag har ingen aning om ifall språkblandningen jag håller på med nu är en bra idé eller inte, men det får vara så tills vidare

Hur som helst är det inte bara jag som ägnar mig åt #blogg100-galenskaper. En annan deltagare med biologianknytning är Johan Lind, docent i etologi, som gör en topp 100-lista över djur med egna fotografier. Mycket fint och allmänbildande! Om jag gjorde en topplista skulle den bli betydligt kortare, men hönan skulle i alla fall komma på plats ett. Titta till exempel på nummer 98, mindre havsnål och nummer 83, Chromodoris reticulata!

Dagens rekommendation: The Dog Zombie

Naturligtvis är jag, som är en doktorand som bloggar, svag för att läsa doktorander som bloggar. Jessica Perry Hekman är en sådan och jobbar dessutom också med domesticering och beteendegenetik. Hur mycket bättre kan det bli?

Läs till exempel den här posten om Belyaevs rävar (något jag själv borde skriva om också) eller den här om Dias & Resslers studie om epigenetiskt arv och lukt (min post här).

Dagens rekommendation: Dom Wright i tidningen

Häromveckan blev min handledare, Dominic Wright, intervjuad i Linköpingsposten med anledning av att han just blivit lektor. Några formuleringar är ganska lustiga men nåja. Det är dock sant att National Geographics skrev om vår förra vetenskapliga artikel om kamstorlek under överskriften ”Tales of the weird” (den primära artikeln var naturligtvis inte där, utan i PLOS Genetics). Dessutom gulliga kycklingbilder.

Dagens rekommendation: Stressforskning öppnar för bättre djurhållning

En liten video från Linköpings universitet om en del av forskningen som äger rum i AVIAN-gruppen, den metagrupp vid IFM Biologi som jag också tillhör. De som pratar är Pelle Jensen, professor i etologi (och min bihandledare) och Hanne Løvlie, forskarassistent. Hanne berättar om en del av sin forskning om höns personlighet, bland annat tillsammans med Josefina Zidar, doktorand och min kontorskamrat. De forskar bland annat på hur höns förmåga att lösa olika problem, som att lära sig hitta mat i en labyrint, och hur det hänger ihop med hur de beter sig i andra situationer som mäter olika personlighetsdrag. Pelle pratar om stress och genetik, två övergripande teman i mycket av vår forskning, och vad det är för nytta med kunskaper om höns.

En del av hönsen syns också i bild, både röda djungelhöns, den art som tamhönsen kommer ifrån, och vita domesticerade värphöns. Bland andra jag sysslar mycket med en korsningslinje mellan tama och vilda höns, men jag tror inte några sådana skymtar förbi. Vi använder både jämförelser mellan tama och vilda höns och korsningar dem emellan för att titta på den genetiska grunden för olika skillnader mellan vilt och tamt.

Dagens rekommendation: F Jalalvand m. fl. om värdet av mysko forskning

Vi vet för lite om allt för att kunna lösa problem snabbt. Vi vet för lite om allt. Vi vet för lite om mänsklig genetik. Vi vet för lite om cellens metabolism. Vi vet för lite om samspelet mellan sjukdomsframkallande organism och värd. Vi har för få metoder. Vi vet för lite om allt. Och om den tillämpade forskningen ska ta reda på allt som den behöver för att kunna lösa problemen den är ämnad för att lösa hade den behövt tillbringa ett par 100-200 år åt det innan den kunde sätta igång med det verkliga arbetet (uppdiktade siffror, men play with me here).

Den här bloggposten av F Jalalvand, doktorand i mikrobiologi i Lund, är en gammal favorit om varför det är viktigt att forska om saker som inte verkar ha någon omedelbar nytta. Han radar upp en serie exempel, som inte alls är långsökta eller udda, på hur nyfikenhetsdriven forskning senare kommit att bli väldigt fruktbar även för tillämpad forskning. Bloggen är även övrigt mycket läsvärd.

Låt oss nu säga att en forskargrupp jobbar med att förstå och utveckla ett botemedel mot bröstcancer. Om forskarna hade själva behövt upptäcka Taq-polymeraset, GFP, RNA silencing och all annan kunskap och metodologi som härstämmar från grundforskning förstår ni att botemedlet hade dröjt.

Och om läsaren råkar ha tillgång till ett forskningsbibliotek finns det en kolumn i en vetenskaplig tidskrift av Patricia Brennan m.fl. som säger ungefär samma sak:

Brennan, Patricia LR, et al. (2014) Oddball Science: Why Studies of Unusual Evolutionary Phenomena Are Crucial. BioScience 64.3 178-179.