Referensen de glömde: 1000 mänskliga genom

Publicerat i genetik av

Tidigare i veckan handlade det om mänskliga genomsekvenser och jag var lite tjurskallig om det första irländska genomet… Jag borde nog ha nämnt 1000 Genomes Project som är den nya sekvenseringens svar på HapMap och som kommer göra det betydligt mindre hett att publicera analyser av enskilda individers sekvenser — om det inte är något väldigt speciellt med dem…

(Bild från Wikipedia.)

Okej, sekvenseringen av Ozzy Osbournes genom har ännu inte publicerats i någon vetenskaplig tidskrift och bidrar knappast särskilt mycket till mänskligt vetande. 1000 Genomes, däremot, har det ambitiösa målet att hitta i stort sett alla genetiska varianter som förekommer med minst 1% frekvens i populationen. För att åstadkomma det kommer de sekvensera ett stort antal människor från olika delar av världen. (Det är faktiskt inte just 1000 genom som ska sekvenseras, utan mer än 2000.)

Och nu publiceras ett par artiklar baserade på data från deras pilotprojekt. I den stora artikeln i Nature kan vi läsa att de har sekvenserat 179 individer lite ytligare men tillräckligt för att hitta vanliga genetiska varianter; dessutom har de sekvenserat två trios av mor, far och barn mycket noggrannare; och slutligen hos 697 personer den relativt lilla del av genomet som kodar för proteiner. Allt som allt ger det en katalog av genetiska variationer — både SNP:ar och kopievariationer — som de uppskattar täcka 95% av den variation som finns.

I Nature-artikeln och den samtidiga Science-artikeln gör de såklart också en mängd intressanta beräkningar. Bland annat letar de efter genetiska tecken på evolution genom naturligt urval i DNA-sekvensen. Förresten, för den som trodde att det är sekvenseringen och inte analysen som är det jobbiga — titta på projektets hemsida. Den sista sekvenseringen i pilotprojektet var klar i juni 2009. Nature-artikeln mottogs av tidskriften i juli 2010.

Karin Bojs skriver en bra artikel om nyttan av fler genetiska markörer. Men varför inte kosta på sig att länka till artiklarna? Nature-artikel är open access och Science-artikeln kan läsas gratis efter registrering.

(Uppdatering: Strax efter att den här texten postats försvann DN:s artikel igen. Vi får väl se när den kommer tillbaka.)

Litteratur

A map of human genome variation from population-scale sequencing. (2010) Nature 467 ss. 1061-1073. Det blir för mycket även för Nature att skriva ut alla författarnas namn; de listas längst ner på sidan.

Sudamant et al. (2010) Diversity of Human Copy Number Variation and Multicopy Genes. Science 330 ss. 641-646. Här står ”1000 Genomes Project” som en av medförfattarna i listan — och så är det 10 till.

Polymeraskedjereaktionen (Så går det till, del 1)

Publicerat i molekylärgenetik av

Vad är det molekylärbiologer gör — egentligen, alltså rent handgripligen? (Jag brukar säga att det mest går ut på att flytta små mängder vätskor mellan olika rör.) Ifall någon undrar tänkte jag att vi kunde gå igenom några vanliga molekylärbiologiska tekniker. Det kommer alltså inte handla så mycket om ett visst forskningsområde utan mer om några mycket vanliga verktyg.

Molekylärbiologi, förresten? Förledet ”molekylär-” kan sitta på rätt många substantiv, men inom biologi betyder det oftast att DNA och proteiner kommer vara inblandat på något sätt. Min personliga favorit är DNA.

Kort repetition: Deoxyribonukleinsyra (DNA) är den molekyl som lagrar alla cellens proteinrecept (samt några andra recept på användbara RNA-molekyler och en väldig massa onödigt skräp). Koden består av en sekvens av baser, de välkända A, T, G och C.

Polymeraskedjereaktionen (PCR) är en metod för DNA-kopiering i provrör. Den är oerhört användbar i alla möjliga sorters biologi, väldigt vanlig men ibland en smula lynnig. Med PCR går det att välja ut ett kort stycke av en DNA-sekvens. En liten mängd av ett DNA-prov blandas i PCR-reaktionsblandingen, och ifall den eftersökta sekvensen finns där kommer den när reaktionen är klar att finnas i massvis av kopior. Kopiorna kan sedan detekteras på olika sätt.

(Modell av DNA från Wikipedia.)

Alla som sett en DNA-molekyl — och det är förmodligen världens mest avbildade molekyl — vet att den oftast har två strängar som sitter ihop. A, T, G och C binder bara till varandra i vissa kombinationer (A+T och C+G). En dubbelsträngad DNA-molekyl bär alltså på två kopior av samma sekvens, men formulerade på olika sätt. (De sägs inte vara identiska, utan komplementära.)

De två komplementära strängarna är grunden för DNA-kopieringen. I sin första artikel om DNA-molekylens struktur skrev Watson och Crick lite drygt:

It has not escaped our notice that the specific pairing we have postulated immediately suggests a possible copying mechanism for the genetic material.

Nå. Det mesta verkar rätt sjävlklart när man vant sig vid det. Men om vi tänker oss att vi kan dela på DNA-molekylen utan att ha sönder den så borde det gå att bygga en ny sträng med de komplementära baserna. Det är så cellerna gör. Och som oftast sker det med hjälp av proteiner.

Enzymerna som gör själva kopieringen kallas DNA-polymeras. En polymer är en stor molekyl som är sammansatt av mindre delar; -as är ett efterled som enzymer brukar bära — enzymet sätter alltså ihop en DNA-kejda av mindre byggstenar som kallas nukleotider.

I labbet använder vi oftast DNA-polymeras från Thermus aquaticus. Det är en bakterie som lever i varma källor och är alltså van vid värme. Upptäckarna Brock & Freeze isolerade den från varma källor i Yellowstone; hur coolt är inte det! Taq-polymeraser, som olika varianter av dess DNA-polymeras kallas, är värmetåliga till skillnad från de flesta proteiner förlorar sin struktur när de blir varma — exempel: äggvita.

Varför behöver det vara varmt, då? Cellen använder ett komplicerat system av olika proteiner för att packa ihop och packa upp sitt DNA. Topoisomeraser rullar upp DNA-molekylen så att polymeraserna kommer åt. Olika stödjeproteiner skyddar den ensamma strängen tills den blivit kopierad. I provröret, däremot, har vi DNA i vattenlösning och då är det mycket enklare — framför allt för att vi har betydligt högre koncentration DNA; om en och annan sträng går sönder finns det tusen åter. För att separera DNA-strängarna värmer vi helt enkelt till typ 95 grader Celsius. För att få dem att para ihop sig igen kan vi bara låta blandningen svalna — lämpligen till en temperatur där Taq-polymeraset är högaktivt, typ 72 grader Celsius.

Det är en bit som fattas: DNA-polymeraset kan inte börja bygga nya DNA-strängar var som helst; det bygger bara vidare på en sträng som redan är påbörjad. Därför tillsätter vi korta DNA-strängar, som kallas primers, som ringar in det område vi vill kopiera. För att primrarna ska kunna binda till DNA-strängen som ska kopieras sänker vi temperaturen en stund innan vi går upp till 72 grader.

Och så upprepar vi, som i PCR-programmet ovan. Vid varje cykel separeras och kopieras DNA-strängarna. Här finns en liten Youtube-video som illustrerar det (men stäng av musiken!):

PCR dyker upp överallt. När vi vill typa någon genetisk markör, sekvensbestämma en gen, klona en gen eller nästan vad som helst annat brukar PCR komma in på något hörn. Men den enklaste DNA-analysen efter PCR är förmodligen elektrofores i en agarosgel. Det får bli del två — men här är en bild på en gel så länge:

(Gelbild från Jackie K alias _intellinuts_. Publicerad på Flickr och Creative commons-licensierad.)

Litteratur

Watson JD, Crick FHC. (1953) A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid. Nature 4356 ss. 737-738

Brock TD, Freeze H. (1969) Thermus aquaticus gen. n. and sp. n. A Nonsporulating Extreme Thermophile. Journal of Bacteriology ss. 289-297

Referensen de glömde: Ett mänskligt genom till

Publicerat i genetik av

Det är på modet att bestämma DNA-sekvensen för enskilda människors kromosomer.

En artikel i Nature Genetics rapporterade nyss om ännu en sådan genomsekvens, från en japansk man. I TT-notisen om artikeln (och då kanske också i Nature Genetics’ presskit?) står det att det är den sjunde individuella genomsekvensen. De verkar ha missat sekvenseringen av en irländares genom i tidigare i år. Får det inte en ganska komisk klang — det första japanska genomet, det första irländska genomet…?

Varför sekvensera individuella genom? Den mänskliga genomsekvensen, som vi känner och älskar, är en referenssekvens byggd på prover från anonyma (och några kända) donatorer. Referensgenomet ger oss en bra uppfattning om genomets övergripande form, vilka gener som finns och hur de liknar och skiljer sig från andra arter. Men det finns forfarande en värld av genetisk variation mellan människor att upptäcka.

HapMap är ett projekt som syftar till kartlägga den variationen genom att, i stora drag, hitta ett stort antal SNP:ar (ställen där ett baspar skiljer sig) — och en del CNV:er (sekvenser som uppträder i ingen eller flera kopior) — och typa dem i grupper av försökspersoner från olika delar av världen.

Men varför nöja sig med genetiska markörer när det går att få sekvenser? Med nya tekniker för DNA-sekvensering börjar det bli realistiskt att med referenssekvensen som stöd sekvensera om hela genomet från enskilda individer. Metoderna är lite olika, men de ger alla mycket korta DNA-sekvenser, några tiotal baser. (Gammal hederlig Sangersekvensering ger minst några hundra.) Istället producerar de väldigt väldigt många — inte för inte kallas de ibland ”massivt parallella”. Per bas räknat blir genomsekvenserna mycket snabbare och billigare, men det är fortfarande svindyrt — särskilt som vi måste räkna in den datorkraft som går åt.

Som Mike the Mad Biologist, en biologibloggare jag gillar, uttrycker det: ”The exciting thing about the recent technological advances in genomics is that we have a massive amount of data. The terrifying thing about the recent technological advances in genomics is that we have a massive amount of data.”

Litteratur

Fujimoto A et al. (2010) Whole-genome sequencing and comprehensive variant analysis of a Japanese individual using massively parallel sequencing. Nature Genetics. Förhandspublicerat 24 oktober.

Tong P et al. (2010) Sequencing and analysis of an Irish human genome. Genome Biology 11 R91

Om syntetbiologi och artificiellt liv

Publicerat i bioteknik, molekylärgenetik av

Tidigare i år kom det rubriker om artificiellt liv. Det var Daniel Gibson & co, under ledning av Craig Venter, kanske den moderna biologins mest kända ansikte (med viss rätt — de organisationer han leder gör coola projekt och han är en rätt kul talare) som publicerade en artikel om den första cellen med ett helt syntetiserat genom. Det är en extremt imponerande insats, men om vad det betyder i övrigt tvista de lärde (med flera). Det ska vi inte heller ge något uttömmande svar på, utan  fördjupa oss lite i hur det gick till.

För de som har tillgång till prenumerationer finns artikeln att läsa här. Lyssna annars på Venter.

Synthetic biology är ett modeuttryck för tillfället, låt oss skriva syntetbiologi på svenska. Inte för att ge sig på definitionsdiskussionen, men låt oss helt enkelt kalla det en uppdaterad variant av bioteknik — inte alls hela vägen, men ännu ett steg närmare att kunna bygga och bygga om biologiska system efter eget huvud. Det är nämligen inte helt lätt, om nu någon undgått att märka det. Biologiska system är, för att använda Drew Endys uttryck, inte byggda för att vara lätta att förstå och förändra. De är strängt taget inte byggda alls, utan har blivit till genom en lång, irrationell och nyckfull evolutionsprocess. Även om jag vet att mina ingenjörskompisar tvivlar på det ibland — hur kontraintuitiva och illa dokumenterade tekniska system än är så är de ändå konstruerade av ett (mer eller mindre) intelligent människosinne

Drew Endy nämner syntesen av långa DNA-strängar som en central teknik — och det är precis det den här artikeln excellerar i. DNA, vår och alla andra organismers stabila lagringsmedium för ärftlig data, är nämligen i grund och botten en väldigt lång sockermolekyl, som kan framställas på kontrollerad syntetisk väg. Det är alltså det som är syntetiskt i den syntetiska cell Gibson & co har framställt — den första mallen för dess arvsmassa har tillverkats i en DNA-syntesmaskin.

Fortsätt läsa →

Referensen de glömde: stamcellsjakt i ryggmärgen

Publicerat i cellbiologi av

”Stamcellsforskning” är ett ord med särskild laddning. Men allt som har med stamceller att göra behöver inte handla direkt om nya terapier. Stamceller har vanliga biologisk funktioner i kroppen också, som det finns mycket vi inte vet om.

Häromdagen gick det ut en mycket avskalad TT-notis om en artikel om sådan forskning. Notisen är fyra meningar lång, vilket måste vara någon sorts rekord. DN har en lite längre variant som får med (nästan hela) tidskriftens namn. Karolinska institutets pressmeddelande finns här och är betydligt mindre sparsmakat. Och slutligen, själva artikeln:

Fanie Barnabé-Heider, Christian Göritz, Hanna Sabelström, Hirohide Takebayashi, Frank W. Pfrieger, Konstantinos Meletis & Jonas Frisén (2010) Origin of new glial cells in the intact and injured adult spinal cord. Cell Stem Cell. Förhandspublicerat 8 oktober.

Vad är det då som försiggår? Låt oss ta en liten titt, som neurobiologiska amatörer. Att nervsystemet består av nervceller, det hörs ju på namnet. De avbildas här på en teckning av Santiago Ramón y Cajal, som föreställer två typer av neuroner i lillhjärnan.

Men nervcellerna är långt ifrån ensamma i nervsystemet; det finns en rad andra celltyper som är nog så viktiga. Med ett ord brukar de kallas gliaceller. De stödjer och skyddar neuronerna, reglerar den kemiska miljön och bildar myelin — ett isolerande lager kring nervcellernas utskott som krävs för att den elektriska signalleringen ska fungera ordentligt. Demyelinering, när myelinet av någon anledning skadas, är en del av MS och liknande sjukdomar. Några av dem är immunceller som äter upp inkräktare.

Och, viktigast i det här sammanhanget, när nervsystemet skadas är det gliaceller som rycker in för att bilda ny vävnad. Men gliaceller är flera olika celltyper och alla gör inte allt. Framför allt, som vi nämnde tidigare i samband med cancer, är det inte alla celler i kroppen som får dela sig. Den uppgiften sköts ofta av stamceller, celler som själva inte är helt specialiserade, utan istället har förmågan att dela sig och ge upphov till andra celler, som sedan blir de specialiserade celltyper kroppen behöver. Nya gliaceller i en skadad ryggmärg, till exempel.

Det Barnabé-Heider & co ville ta reda på vilken typ av gliaceller som fungerar som stamceller vid en ryggmärgsskada. Ur medicinsk synvinkel hade det varit intressant att kunna bilda nya nerver, men också myelinerande gliaceller. Och visst går det att få stamceller från nervsystemet att utvecklas till nervceller i plaströr- och skålar utanför kroppen. Men i kroppen är det inte så enkelt. Att förstå hur nya neuroner och nytt myelin bildas — och hur vi eventuellt kan få dem att återbildas bättre — är så klart ett av motiven bakom sådan forskning.

Det fanns tre huvudmisstänkta celltyper: oligodendroglia, ependymceller och astrocyter, som alla tidigare visat sig fungera som stamceller i olika sammanhang — i andra delar av nervsystemet eller i provrör. Astrocyter utmärker sig genom att de ser ut som små stjärnor; de är stödceller åt neuronerna i centrala nervsystemet. Oligodendroglia ägnar sig mest åt att isolera nervceller, alltså att bilda myelin (för ordningens skull: de oligodendroglia som de studerade i det här fallet är redan beskrivna som förstadieceller, alltså en cell som liknar en stamcell, men som bara bildar en enda celltyp). Ependymcellerna, slutligen, täcker ytan kring de vätskefyllda hålrummen i nervsystemet — hjärnans ventriklar och kanalen mitt i ryggraden.

Så, hur gick själva experimentet till? Barnabé-Heider & co använde transgena möss modifierade med en kombination av olika gener, som gör att mössens gliaceller färgas in med fluorescenta proteiner. När mössen avlivats och deras ryggmärg monterats i mikroskop går det alltså att se fluorescerande gliaceller.

Mössen har genen för proteinet Cre kopplat till en estrogenrecetpor. Det innebär att när cellerna utsätts för hormonet estrogen, eller det estrogenliknande ämnet tamoxifen, så aktiveras Cre. Cre i sin tur är ett rekombinas, ett enzym som klipper i DNA. Om en bit DNA omges av en vissa särskilda sekvenser — som går under det kryptiska namnet loxP — så kommer Cre att klippa bort den. Vidare så har mössen en gen för ett fluorescent protein, alltså ett protein som, ifall man lyser på det, lyser tillbaka med en viss färg. Den genen är kopplad  till en promotor (en kontrollsekvens som styr genens uttryck) som gör att det bara används i just den celltypen, och till en sekvens som stänger av uttrycket. Denna så kallade stoppsekvens gör att genen inte uttrycks alls — om inte stoppsekvensen klipps bort. Därför omges stoppsekvensen av loxP-sekvenser. Så, om Cre aktiveras så klipps stoppsekvensen bort och det fluorescenta proteinet uttrycks. Här är en bild på ependymceller — det gröna i mitten, kring kanalen i ryggmärgen — inmärkta med liknande teknik (Meletis et al. 2008):

Så, när musen får en injektion av tamoxifen så börjar antingen astrocyter, oligodendroglia eller ependymceller att uttrycka fluorescent protein. Och det fortsätter de med. På så sätt går det att spåra vilken celltyp nya celler kommer ifrån. Om astrocyter lyser gult i ett prov från en mus som uttrycker fluorescent protein i ependymceller — då vet man att ependymceller givit upphov till astrocyter.

De har tittat på möss med sådan genetisk infärgning i alla tre celltyperna, både på frisk ryggmärg och på möss som sövts ner och blivit utsatta för en ryggmärgsskada. Resultatet blev att i en skadad ryggmärg börjar alla tre celltyperna bilda fler av sin egen sort. Astrocyter bildar andra astrocyter. Förstadiecellerna till oligodendroglia bildar oligodendroglia. Men ependymceller bildar inte bara ependymceller, utan också andra celltyper. Det är alltså bara de som uppvisar stamcellsfunktion i det här arbetet.

För oss som inte är så inne på neurobiologi är det inte helt lätt att veta var den här artikeln passar in, för den är så klart del av ett pågående arbete med många olika artiklar och forskargrupper. Men något lär vi oss väl alltid, och på vägen fick vi ett par exempel på cellbiologiska illustrationer förr och nu.

Litteratur

Meletis K, Barnabé-Heider F, Carlén M, Evergren E, Tomilin N, et al. (2008) Spinal Cord Injury Reveals Multilineage Differentiation of Ependymal Cells. PLoS Biol 6 e182. doi:10.1371/journal.pbio.0060182

Fanie Barnabé-Heider, Christian Göritz, Hanna Sabelström, Hirohide Takebayashi, Frank W. Pfrieger, Konstantinos Meletis & Jonas Frisén (2010) Origin of new glial cells in the intact and injured adult spinal cord. Cell Stem Cell. Förhandspublicerat 8 oktober.

Ig Nobel-priset 2010

Publicerat i zoologi av

Det finns inget Nobelpris har biologi i namnet, men Nobelpriset i fysiologi eller medicin och även ibland kemipriset går till upptäckter som i och för sig kan betraktas som biologiska. I år går priset till Robert G. Edwards för att ha utvecklat in vitro-fertilisering (IVF) för människor — provrörsbefruktning. Men nu var det inte Nobelpriset saken gällde, utan ett alternativt Nobelpris, där biologi brukar vara väl representerat: Ig Nobel-priset, som belönar skojig forskning, helt enkelt.

Priset i biologi i år går till Min Tan, Gareth Jones, Guangjian Zhu, Jianping Ye, Tiyu Hong, Shanyi Zhou, Shuyi Zhang och Libiao Zhang som är  författare till Fellatio by Fruit Bats Prolongs Copulation Time. Artiklar om djur i kombination med sex eller spillning har fått pris flera gånger förut, så det känns ganska väntat. (Och enligt mina personliga, högst ovetenskapliga, observationer är just dessa ämnen inte helt ovanliga lunchsamtalsämnen bland biologer.)

Om den kommit lite senare hade nog The Adaptive Function of Masturbation in a Promiscuous African Ground Squirrel av Jane M Waterman i samma tidskrift varit en god kandidat. Ett stalltips: ta ett sexuellt beteende som människor utför och fråga om det finns något annat djur som gör något liknande — här beteenden som liknar onani och oralsex. Svaret är rätt ofta ja. Det finns många djur i planetens hage. Men detaljerna kring beteendet, hur det passar in i djurens sociala liv och vilken — om någon — funktion det har kan vara väldigt olika och är ofta en öppen fråga. Det är lite typiskt att båda artiklarna presenterar, och argumenterar för och emot, en hel rad hypoteser om respektive beteendes funktion.

Personligen hade jag gärna sett Henderson & Naish för sin Predicting the buoyancy, equilibrium and potential swimming ability of giraffes by computational analysis — där de tar sig an frågan ifall giraffer kan simma genom att bygga en datormodell av en giraff i vatten, och kommer fram till att giraffen, för att kunna simma, skulle behöva hålla sin långa hals rakt framåt, vilket verkar obekvämt och ineffektivt. (Darren Naish har skrivit en bloggpost om artikeln. Titta där för att se vad jag menar.)

Alla årets pristagare finns här. Titta till exempel gärna på slemsvamparna — en favorit i repris — och artikeln om hur smärtupplevelser påverkas av att svära. (Om skägget som laboratoriesäkerhetsrisk säger jag ingenting.)

Litteratur

Min Tan, Gareth Jones, Guangjian Zhu, Jianping Ye, Tiyu Hong, Shanyi Zhou, Shuyi Zhang, Libiao Zhang. Fellatio by Fruit Bats Prolongs Copulation Time. PLoS ONE 4 e7595

Jane M Waterman. (2010) The Adaptive Function of Masturbation in a Promiscuous African Ground Squirrel. PLoS ONE 5 e13060

Manuel S. Barbeito, Charles T. Mathews, and Larry A. Taylor. (1967) Microbiological Laboratory Hazard of Bearded Men,  Applied Microbiology 15 ss. 899-906.

Henderson DM, Naish D. (2010) Predicting the buoyancy, equilibrium and potential swimming ability of giraffes by computational analysis. Journal of Theoretical Biology 265 ss. 151-159

ADHD och kopietal: postskriptum

Publicerat i genetik av

Det är en sak till jag tycker vi borde ta upp om kopplingen mellan ADHD och kopietalsvariationer. Det är en fråga som olika människor nosat på i kommentarer kring gårdagens nyhetsartiklar.

Det börjar med en viktig invändning: Att två saker korrelerar betyder inte att den ena orsakar den andra. Det är en bra sak att påminna sig om då och då, och en bra mycket bra fråga att ställa när någon fysiologisk process kopplas till beteende. Så varför inte ställa den om generna också: Varför tolkar både vi och forskarna de här resultaten som att genetiska variationer är en del av orsaken till ADHD — istället för att tänka sig att ADHD kanske orsakar genförändringar?

Ett svar kan vara att genetiska mutationer, för allt vi vet, brukar inträffa slumpvis. Ju längre vi lever, desto fler blir mutationerna, och celler här och där får olika förändringar i sin arvsmassa. En del börjar bete sig lite konstigt, men de flesta dör och ersätts efterhand. Kroppen har mycket god koll på att celler kopierar sitt DNA ordentligt och bara delar sig när de ska.

Därför är det extremt osannolikt att de genetiska variationer som krävs för att orsaka ökad risk för en fenotyp som ADHD skulle uppstå i en hel människas kropp. Det enda säkra sättet att få en viss genetisk variation i någon större del av kroppen är att ärva den. De varianter som pekades ut i ADHD-artikeln har med allra största sannolikhet uppstått vid den speciella celldelning som kallas meios, som ger upphov till könscellerna. En mutation som uppstår där kan gå i arv till nästa generation, finnas i hela barnets kropp och sedan gå i arv till barnbarnen.

(Det finns ett otäckt undantag till den här regeln — en genuint genetisk sjukdom som oftast inte går i arv, utan uppstår spontant under livets gång — och det är cancer. Men cancercellerna fuskar; de mutationer de drabbats av gör att de börjar växa med en brutal kraft, undkommer kroppens reglerande system och växer ifrån sina grannceller, som inte delar sig så mycket. Men det är en annan historia.)

Det här betyder alltså inte att olika miljöfaktorer inte kan vara inblandade i ADHD; sådana finns alldeles säkert. Men vi kan vara rätt säkra på att ADHD inte orsakar själva de genetiska varianterna. De kommer sig nog istället av att vissa människor av ren slump råkat ut för mutationer i gener som på något sätt har med beteende att göra.

Referensen de glömde: ADHD och kopietal

Publicerat i genetik av

Som vi lite surt konstaterade tidigare är det rätt sällan vetenskapsjournalister bemödar sig med att tala om vilken artikel det är de refererar, vilket gör det svårt att kolla upp kontroversiella påståenden.

Här är ett par tidningsartiklar om ett sådant ämne, nämligen ADHD. De har fått karaktäristiska provocerande rubriker. Kommentarsfältet är i uppror och ett tjugotal bloggare ekar tidningens slutsatser med hoppfulla eller upprörda utrop. Det kan finnas anledning att ta en titt själv.

Men först måste vi hitta artikeln. Det är inte det lättaste. Men journalisten har givit oss lite hjälp genom att skriva ut en av forskarnas namn — Anita Thapar och tidskriften, The Lancet. Tack!

En sökning i PubMed ger vid handen att ”Thapar A” publicerat tre artiklar om ADHD i år, samt ett par om depression och födselvikt. En av dem skulle kunna vara artikeln, en helgenomsstudie. Men den är publicerad i Journal of the American Academy of Child and Adolescent Psychiatry, inte The Lancet, och är inte riktigt så ny. Och här är det såklart lite feltänkt av mig; en artikel som publicerats idag har nog inte hunnit snappas upp av PubMed eller Google Scholar.

Så, om vi tittar på The Lancets hemsida och söker på ”Thapar”, så finner vi istället den förhandspublicerade artikeln: Rare chromosomal deletions and duplications in attention-deficit hyperactivity disorder: a genome-wide analysis.

Bingo! För att bilda oss en bättre uppfattning kan vi läsa artikelns sammanfattning. Den är tillgänglig även för folk utan prenumeration.

Men en sak till: de provocerande rubrikerna: ”Forskare: adhd har genetiska orsaker” — ”ADHD kan bero på ‘trasiga’ gener”. Även om det är sant, så måste vi komma ihåg följande: Det betyder inte att ADHD endast har genetiska orsaker; det kan vi inte vara säkra på. Det betyder inte heller att ADHD inte skulle gå att behandla; det följer inte heller av en genetisk komponent. Det betyder heller inte motsatsen, alltså att den genetiska grunden med nödvändighet leder till en ny effektiv behandling; tyvärr hjälper det ofta inte särskilt mycket. (Somliga kommentarer och bloggare verkar föreställa sig en direkt koppling mellan genetiska upptäckter och tillverkning av nya mediciner. Någon sådan finns inte.)

Det betyder heller inte att människor med ADHD på något sätt är defekta; vissa gener och proteiner saknas eller beter sig annorlunda i jämförelse med folk i allmänhet — och kan på så sätt med visst fog kallas trasiga varianter. Hur ändrar det vår bild av människor med ADHD att det finns en genetisk komponent? Svaret på den frågan borde vara inte alls. Om den genetiska komponenten spelar tillräckligt stor roll kan det såklart påverka hur vi ser på varför människor har ADHD.

Att det kan finnas en viss genetisk komponent borde heller inte vara någon nyhet. Författarna hade knappast påbörjat arbetet om det inte fanns anledning att tro på en genetisk komponent — det hade varit slöseri med tid och pengar. I bakgrunden finns forskning som redan tyder på att ADHD är ärftligt, annan forskning som kopplar CNV:er (Copy Number Variations; på svenska kanske kopietalsvariationer — det är den typ av genetiska varianter som de sökt efter, helt enkelt bitar av en kromosom som förekommer olika många gånger) till autism och schizofreni och — till och med — ett annat arbete som publicerades i somras som kopplar CNV:er till ADHD.

Låt oss alltså ta det lite lugnt.

Laxar och källförteckningar

Publicerat i bioteknik av

(Laxägg från Wikipedia. Så vitt jag vet inte genmodifierade.)

Bara en kort notis om något vi borde titta närmare på senare. Idag publicerades en artikel på vetenskapsdelen av DN:s hemsida som handlar om genmodifierade laxar som snart kan vara ”här” — det vill säga, Food and Drug Administration i USA utreder om de ska godkänna en genförändrad lax som människodföda.

Fisken kallas the AquaBounty Salmon efter AquaBounty Technologies som säljer den och — får vi gissa — sitter på patenten.

Men först en sak om DN-artikeln och en slående skillnad mellan vetenskapsjournalistik och vetenskapligt skrivande. I vetenskapliga skrifter förväntas det finnas källor dit läsaren kan gå för att få reda på vilket stöd det finns för påståenden; och stödet ska helst vara andra granskade vetenskapliga skrifter. Journalister har såklart inga sådana krav på sig. Och när journalister skriver om vetenskap blir det ibland en dråplig krock. Det hör till exempel till undantagen att en vetenskapsjournalist som skriver om ett nytt resultat som publicerats i en vetenskaplig tidskrift uppger en fullständig källa. I de bättre fallen uppger de vilken tidskrift artikeln publiceras i. Författarnamnet uppges bara om författaren gjort något kul uttalande som går att citera i texten. I värsta fall får vi nöja oss med att det står att ”amerikanska forskare” kommit fram till någonting — förmodligen att någonting orsakar eller skyddar mot cancer.

Detta har nog sina randiga och rutiga skäl. Jag har förstått att vetenskapsjournalister ofta jobbar med presskit med förhandsmaterial från de stora tidkrifterna, så de kanske inte vet exakt när och var artikeln kommer finnas. Oftast krävs det dyra prenumerationer för att komma åt den, och det är inte självklart att vi som läsare skulle begripa originalartikeln ens om vi såg den. Därför kanske inte referensen alltid är så viktig för oss. Men det vore ändå bra om den fanns där, så vi kunde gå till originalartikeln ifall vi vill veta mer — särskilt när det gäller något kontroversiellt.

Den här artikeln handlar i alla fall inte om något visst genombrott som publiceras i en vetenskaplig artikel. Men den verkar vara ett referat av den här artikeln — och kanske någon mer — i The Guardian. Nog för att artikeln verkar — verkar; det borde vi som sagt titta närmre på, kanske titta på några av de vetenskapliga referenser som faktiskt finns — innehålla en rätt bra sammanfattning av vad som är genmodifierat med laxen ifråga. Men den har ändå karaktären av en sammanfattning av en sammanfattning av en sammanfattning. Mest av allt påminner det om viskleken.

Vad är biologiska läkemedel?

Publicerat i bioteknik av

För några dagar sedan kom en artikel från Ekot — som ekade här och där — om biologiska läkemedel och hur förskrivningen av dem skiljer sig mellan olika delar av landet.

Men det står inte särskilt mycket om vilken sorts läkemedel det egentligen är fråga om, mer än att de är nya, bra och dyra. Så vad är biologiska läkemedel? Jag kan nog inte svara på varför de är dyrare (mer än att de är nya, relativt outforskade, med patent som fortfarande gäller), men istället blir det en liten utflykt till immunologins förlovade och ganska komplicerade land.

Fortsätt läsa →