Till utseendet är den ena DNA-lösningen den andra lik; det ser ut som lite vatten i ett rör (vilket det såklart till största delen också är). Så, om vi just kopierat upp till exempel en bit av en gen, hur får vi veta om det är något där? Som sagt finns det många mer eller mindre sofistikerade sätt att analysera DNA, men det kanske enklaste och vanligaste är elektrofores i en agarosgel.

Elektrofores betyder att laddade partiklar rör sig i ett elektriskt fält; eftersom olika laddningar attraherar varandra kommer negativt laddade saker att vandra mot pluspolen och positivt laddade saker vandra mot minuspolen. Agaros finns i agar-agar och används i matlagning för att göra olika geléartade rätter. Agaros är (liksom DNA) en polymer, alltså en mycket lång molekyl. I en agarosgel ligger agarosmolekylerna lite kors och tvärs och får stora molekyler att röra sig långsammar än de skulle göra i en vätska. För att analysera DNA gjuter vi ett block av agarosgel, dränker den i en balja med saltlösning (för att leda strömmen ordentligt), stoppar ner DNA och sedan lägger vi på elektrisk spänning.

DNA är negativt laddat och vandrar alltså mot den positiva änden av baljan (så här kan ett litet elektroforeskar se ut). Långa DNA-bitar kommer hindras mer av agarosen och vandra långsammare. Låt oss nu titta på Jackie K:s gelbild (Creative Commons-licensierad) igen:

Randen av svarta rutor allra överst i bilden är brunnar i gelen där DNA-proverna hälls ner. Varje brunn innehåller ett prov som sedan vandrat rakt ner längs med bilden. De ljusa banden är DNA. För att de ska synas innehåller gelen ett DNA-bindande fluorescent färgämne.

Banden som vandrat längst i gelen, längre ner i bilden, är kortast. För att ha något att jämföra med använder vi en så kallad stege, en blandning av DNA-bitar med kända längder. Det är en sådan vi ser i första brunnen till vänster. Efter stegen kommer proverna. Den kortaste DNA-biten är i den fjärde brunnen; den längsta i den första.

Gelen är klar och fin med bara ett band från varje brunn (utom stegen, såklart). Om det är PCR-produkter på gelen betyder det att det är en bra och specifika PCR-reaktioner, som bara kopierar upp en sekvens. (Eller möjligen i värsta fall två olika sekvenser med precis lika långa produkter.) Mer än så kan vi nog inte tolka den här bilden utan att veta vad det är för prover.

Agarosgel duger bra för prover med mycket DNA (PCR-produkter, exempelvis) och för att skilja DNA-bitar som skiljer sig kanske 50-100 baser i storlek. För att separera mindre fragment eller proteiner, som inte är lika långa och skrymmande som DNA och alltså inte hindras nämnvärt av agarosgel, går det att använda gel av polyakrylamid. (Hallandsåsen, någon?) För små mängder DNA finns det elektroforesmaskiner med kapillärer, väldigt tunna rör fulla med gel, som inte kräver så stora mängder prov.