ENCODE, encyclopedia of DNA elements, är på tapeten igen: det är några som skrivit en rätt elak kritisk artikel. Den är i och för sig open access så att alla kan läsa den, men jag rekommenderar den här i stället: Sean R Eddy, The C-value paradox, junk DNA, and ENCODE. Den är skriven i faq-/katekesform och är mer pedagogisk än Graur & co.

Vad är det då folk är så arga på? Tja, den här lilla filmen sammanfattar hypen kring ENCODE-projektet ganska väl: en gigantisk robot som slår cancer på käften. Och hela genomet är fullt av aktivitet ”even the parts we used to think of as junk”. Suck.

(Själv samlar jag mod för att redigera eller åtminstone diskutera svenska Wikipedias sida som är lika missvisande.)

Å andra sidan: den här artikeln ger en ganska fin sammanfattning av vad projektet egentligen gjorde. Alltså, precis som namnet antyder, är det fråga om en encyklopedi över dna-element i det mänskliga genomet. För ett par andra förträffliga varelser se modENCODE. Det ENCODE (och många andra) mätte var olika typer av aktivitet: olika saker som fäster vid, skriver av eller modifierar dna. Åtminstone en del av resultaten finns tillgängliga i UCSC-genomläsaren så att vi kan titta på vad som försiggår kring våra favoritgener.

Jag har skrivit lite om genetiskt skräp förut: i korthet så är det en väldigt liten del av dna-sekvensen i en stor flercellig organism som faktiskt innehåller instruktioner för några biomolekyler (proteiner och rna). Ytterligare en del innehåller icke-kodande reglerande sekvenser som styr när generna uttrycks. Men lejonparten av genomet är varken eller. Och det är inte bara så att ingen vet vad de gör — många av sekvenerna är tydligt trasiga virussekvenser och andra omflyttningsbara element. Det visar sig att räknar en generöst är det omkring 80% av sekvensen som någon gång skrivs av, interagerar med ett protein eller har vissa modifikationer (som också brukar bäras av dna som används till något). Därmed inte sagt att de gör någon direkt nytta för organismen.

Sean Eddy:

The question that the “junk DNA” concept addresses is not whether these sequences are biochemically “active”, but whether they’re there primarily because they’re useful for the organism. Sequence conservation analyses, including ENCODE’s, consistently indicate that only around 5-20% of the human genome is under detectable selective pressure. Some additional fraction of sequences has probably evolved new human-specific regulatory functions that are not conserved with other closely related species, but ENCODE’s publicized interpretation would require that such nonconserved regulatory sequences account for 80-95% of the genome, far outnumbering evolutionary conserved regulatory sequences. Given the C-value paradox, mutational load, and the massive impact of transposons, the data remain consistent with the view that the nonconserved 80-95% of the human genome is mostly composed of nonfunctional decaying transposons: “junk”.

Litteratur

The ENCODE Project Consortium (2011) A User’s Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE). PLOS Biology 9 e1001046. doi:10.1371/journal.pbio.1001046

Sean R Eddy (2012) The C-value paradox, junk DNA, and ENCODE (pdf från hans hemsida)

Dan Graur , Yichen Zheng, Nicholas Price, Ricardo B. R. Azevedo, Rebecca A. Zufall, Eran Elhaik. (2013) On the immortality of television sets: “function” in the human genome according to the evolution-free gospel of ENCODE. Genome Biology and Evolution doi:10.1093/gbe/evt028